バイキンひみつ基地」は、天才科学者、いたずら好きといった「ばいきんまん」のキャラクター性を活かした体験型施設です。こどもたちが体を動かして遊べるのはもちろんのこと、親子一緒に楽しめる内容が充実。コントロールパネルでは、モニターに映し出された自分の顔がばいきんまんの仲間に変身してしまうなど、デジタルコンテンツも取り入れています。ちゃんのへやもあり、ばいきんまんの世界を楽しめます。詳しくは、神戸アンパンマンこどもミュージアム&モール公式ホームページで。