設定温度は低めに全館空調では個別のエアコンより比較的低めの設定温度でも快適に感じることができます。これは全館空調の場合は24時間連続で運転しますので、室内の壁や床の輻射熱によって体感温度が変動するからです。全館空調の設定温度の目安は冷房26~28°C、暖房20~22°Cとされており、温度の上下変更をあまり行わずに一定で運転する方がコスト低減につながります。留守では切らない全館空調では、運転起動時に最も電力を使います。温度が安定すると、あとはその状態を維持するためだけとなり、電力が少ない緩やかな運転になります。こまめに運転を停止してしまうと、せっかく安定した温度をまた冷暖房し直さなければなりませんので、大幅に電力が必要となってしまいます。設定温度に到達するまで長時間かかってしまいますので、とても非効率な状態となります。気候の良い時期は止めてもOK冷暖房の必要としない時期、春や秋などは運転を停止しても問題ありません。24時間換気ユニットがつながっていても、このスイッチは別に設けてありますので、こちらを切らなければ冷暖房は止まっても換気運転は行っている状態になります。この時期は花粉などの侵入を度外視すれば、窓を開けても支障ありません。