0088年、グリプス戦役でティターンズは壊滅したものの、エゥーゴも大半のパイロットが戦死し、指導者でありMS隊の前線指揮官でもあったシャア・アズナブルは行方不明となり、主力パイロットであるカミーユ・ビダンも精神崩壊を起こしてしまい、戦力不足に悩まされていた。摂政ハマーン・カーンに率いられたジオン軍残党(アクシズ)はネオ・ジオンと名乗り、地球圏の制覇に乗り出す。グリプス戦役で傷ついたエゥーゴの戦艦アーガマは、サイド1のシャングリラに寄港した。そこでジャンク屋稼業をしている主人公ジュドー・アーシタとその仲間たちは、Ζガンダムを奪って一儲けしようと企んだ事から、アーガマと関わり合いをもち、これに敵対するネオ・ジオン軍の巡洋艦エンドラとの戦闘に巻き込まれる。逆アクセスランキングパーツを表示するにはJavaScriptを有効にして下さい。