福沢と鴎外に巣食うは「共喰い」の異能。48時間掛け、極小型の異能生物が宿主のからだを食い破るまでに成長する。どちらかが死ねば、もう一方の異能も停止するという。これこそが、武装探偵社とポートマフィアを潰し合わせるべく弄された、フョードルの策略であった。ウイルスの異能力者を見つけ出すことを第一とし、ポートマフィアの包囲をくぐり抜けた武装探偵社。その隠れ家と思しき場所へ向かった国木田と敦を待ち受けていたのは......。ヨコハマ租界近くの擂鉢街に〝とある人物〟が現れたという噂を耳にしたポートマフィアのボス・森鴎外は、十五歳の少年・太宰治に真相究明を命じる。調べを進める太宰に、敵対する組織の一つである「羊」のリーダー・中原中也が襲い掛かった。「お前が調べている『アラハバキ』について、話してもらおうか」と、聞き慣れぬ名を口にする中也。2人は、突然の爆発に巻き込まれ......。そのとき太宰が見たのは――黒い爆炎を背に立つ「先代ボス」の姿だった。「羊」の仲間を人質に取られ、太宰と行動を共にする中也。2人は「アラハバキ」による爆発の生存者に聞き込みを行おうとするが、ポートマフィアと敵対する「GSS」の襲撃に遭ってしまう。彼らの向かう先にして、森派に立つ構成員・蘭堂の屋敷をもまた爆破されたことから、すべてはポートマフィアを仲間割れさせるための対立組織による策謀かと思われた。蘭堂はこう証言し、その推測を覆す。「あれは、本当に〝荒神〟だった」と......。「どちらが先に犯人を糾弾できるか、勝負しよう」。太宰が持ちかけた推理勝負を受け入れる、中也。「羊」の仲間たちから「ポートマフィアの犬に成り下がったのか」と罵られようとも「これは俺の問題だ」と、その期待の眼差しを振り切って突き進むのだった。彼らは、黒幕の告発に至るが......。明かされる、蘭堂の正体。手足を拘束され、頭部を袋で覆われた――〝怪物〟。それは、組合(ギルド)との抗争の際、密かに白鯨(モビー・ディック)墜落を図った、盗賊団「死の家の鼠」の頭目・フョードルであった。ポートマフィアに噛み付いた者には、痛烈なる報いが与えられなければならない。彼をプロの誘拐屋に捕らえさせた五大幹部の一人・エースが、その仕事を買って出る。奴隷同然の扱いを受けている下級構成員の少年・カルマは、袋の鼠となったフョードルを憐れむが......。武装探偵社の憩いの場である喫茶「うずまき」で、元・組合(ギルド)のルーシーが住み込みで働き始めた。自分への〝復讐〟のためだと言われ、心当たりのない敦は戸惑うばかり。そんな中、彼女はぶっきらぼうに書類の束を突きつける。別の日、敦は、乱歩から、とある仕事を押し付けられてしまう。向かった現場で被害者の身元を知り驚愕する......。ヨコハマの貧民街に、元・組合(ギルド)のルイーザの姿があった。ボロを来た男に金をせびられた彼女は、答える。「差し上げれば、願いを聞いて下さいますか?」。その薄汚れた男こそ――いくら「生きているはずがない」と言われようと、あきらめずに探し続けた、かつてのボス・フランシスだ。フランシスは、ルイーザを拒絶し......。ない路地裏を一人歩いていた武装探偵社の社長・福沢諭吉が、仮面の男に襲われた。福沢は、武術の達人である。思わぬ〝赤い閃光〟の餌食となり、一命は取りとめたものの意識を失ってしまう。この頃、夜ともなれば同様の事件が横行し、死者も出ていた。「夜の管理者」たるポートマフィアが、そのような事態を黙って見過ごすわけもなく、すでに犯人は追い詰められていたのだが......。福沢は、己の死に瀕しながらも「ポートマフィアと戦ってはならぬ」と命じる。自らの推理力を持ってしてもウイルスの異能者を捕まえるのは無理だと判断した乱歩は、社員たちに選択を迫るのだった。国木田と敦は、花袋が黒幕の居場所を掴んでいるかもしれないという万が一の可能性に賭け、彼のアパートへ向かうのだが......。両社の戦いが、ついに火蓋を切る。ウイルス発症まで、あと14時間――。武装探偵社とポートマフィアによる喰い合いは続く。今や、ヨコハマの地を守るべく実現された「三刻構想」は、終焉を迎えようとしていた。そんな中、福沢と鴎外は、同じ思いのもと、病床を抜け出すのだった。因縁の地で、2人は若き日のごとく刃を交え――。敦と芥川は、敵のアジトが構えられた古い炭鉱跡に潜ることとなる。太宰は、2人に共闘を指示した。ウイルス異能力者のプシュキンを追い、トロッコを走らせる敦と芥川。傷一つで感染し、力を奪うウイルスの脅威。2人は、「死の家の鼠」構成員たちとの攻防にあえぐ。その頃、太宰もまた、1回きりのチャンスに賭け、こちらの手勢を削ぐ数々のおとりの中からフョードルを探していた。