「IS<インフィニット・ストラトス>」。代表候補生の少女達が通う女子校である。学園に強制入学させられてしまう。疾風怒濤のアクションバトルと恋模様。十年後、平穏に暮らす士郎はふとしたきっかけから、あらゆる願いを叶えると言われる聖杯を巡る戦い「聖杯戦争」に巻き込まれ、魔術師として最強の使い魔(サーヴァント)セイバーと共に戦いに身を投じることとなった。襲い来る謎のモンスター≪メガロ≫。歩が追いかける、謎の連続殺人犯とは。