訪れる、世界崩壊の危機。ある日、“魔王因子”を持つ魔王候補・春日アラタが、トリニティセブンの一人・浅見リリスの魔道書『ヘルメス外典』に何の気なしに触れた瞬間、眩い光に包まれ、目の前には謎の少女が姿をあらわす。「リリム」と名付けられ、アラタとリリスを親と慕う少女。少女の出現と同時に、世界に異変が。目覚める禁忌の“悠久図書館”。人の手によって造られし“白き魔王”が封じられていた。“白き魔王”は、真の魔王へ至るため、アラタとトリニティセブンたちの抹殺を企てる。ない強大な力を持つ“白き魔王”を前に、世界の崩壊と、絶体絶命の危機がアラタたちを襲う。フリーの機転によりドロテアへ入隊する。現れたマフィアは、フリーの元戦友にして妖精兵ウルフラン・ロウだった。ヴェロニカらが狙う〝黒の妖精書〟が発見されたとの報を受け、塔の都の妖精学者、カインとダミアンの元を訪ねるフリーとマーリヤ。そこに現れた謎の美女、スウィーティー。スウィーティーもまた、黒の妖精書が狙いだった。妖精〝スクライカー〟を操り、黒の妖精書を奪い去ろうとするが、マーリヤの捨て身の攻撃により撃退に成功する。本部へと戻るべく食事を摂っていたところ、彼女の差し向けた掃除屋に襲われ、マーリヤは絶体絶命の窮地に追い詰められる。首相暗殺は未遂に終わり、暗殺を阻止したハイブランツ公ディーゼは褒賞としてこの世に七振りしかない〝妖精武器〟の所有を認められることとなった。国宝でもある妖精武器〝フラタニル〟と共にディーゼの護送を命じられたフリー、マーリヤ、オズ、リリーたちは専用列車へと乗り込む。ディーゼは別働隊としてウルフランらと共に隠し通路を進み、ついに皇帝の前にたどり着く。そこにレイ・ドーンが現れ、ディーゼの野望を阻止した。国内唯一の貿易拠点ベイルンの船島で大量の禁制品と共に、黒の妖精書〝黒の九〟が発見された。確保へ向かうマーリヤたち。一方で妖精学者ダミアンとヴェロニカ、さらにスウィーティーとパトリシアの二人も船島へと集結。三大マフィアの一つ『グイ・カーリン』幹部のイージェイを交え、三つどもえの戦いとなる。ドロテアの活躍により〝黒の三〟〝黒の六〟が妖精省の手に渡る。残るはグイ・カーリンの四大幹部最後のひとり、イージェイの所持する〝黒の九〟のみ。潜伏先へと向かうフリー、マーリヤらは意気込む。イージェイは、独自の研究により〝培養型妖精兵〟を生み出していた。ウルフランに〝黒の九〟が奪われ、ついに黒の妖精書が揃ってしまう。それらを影で手引きしていたのが、マルコ・ベルウッドとその右腕であるグリフ・マーサーと判明し、妖精省を一斉検挙するためドロテアが動く。彼らの目的である『あらまほしき世』とは...。〝黒の妖精書〟が記す〝神獣〟の復活。捜査の過程でスーナを訪れたマーリヤは〝災いの子〟と呼ばれ疎まれてきた自分と、〝幸いの子〟と呼ばれ誰からも寵愛を受けてきたヴェロニカの真実、そして神獣復活のために必要な素材は何なのか、その秘密を知ることになる。教団が狙う最後の素材──〝妖精憑き〟。彼らがそれをひとりでも手にすれば、かつて、古代トゥパール王国を滅ぼしたほどの力を持つ〝神獣〟が甦るという。〝妖精憑き〟であるマーリヤ、レイ・ドーン、ヴェロニカの三人は、教団の陰謀によりロンダキアへと誘導されつつあった。それぞれの思惑をのせ、暗殺された首相の国葬の車列が走る。葬儀を強行するレイ・ドーン。それを狙い、妖精兵を率い襲撃をかけるウルフラン。