洞窟探検でクロム、マグマと力を合わせ、大量のタングステンをゲットした千空。必要な素材も全て揃い、ここから一気にケータイ作りのロードマップを進めていく!長の千空を中心に、クロムが過熱チームを任され、カセキは真空管作りを任される。完成させた復活液で、霊長類最強の男・獅子王司の石化を解いた、千空と大樹。司は「純粋な若者だけを復活させて、人類を浄化する」という過激な思想を千空に語り、石化した大人を破壊し始める。危険を感じた千空は、幼馴染の杠を復活させ、今すぐこの場から離れる、もしくは3人で司の破壊を止めようと考える。銀狼の決死の救出により、何とか最難関素材・硫酸をゲットした千空たち。必要な素材をほとんど手に入れ、ラボでのサルファ剤作りを一気に進めていく。そんな中、御前試合の優勝者には、サルファ剤に必要な最後の素材、酒が振る舞われる事を知った千空。銀狼と八百長試合を計画し、参加することに。幼馴染の杠に、長年片想いし続けている高校生の大樹。親友の千空にからかわれつつも、ついに杠への想いを告げようとしたその時、突如、空がまばゆい光で覆われ、世界中の人類が一瞬にして全て〝石化〟してしまう謎の現象が起こる......!!それから約3700年後――。文明が全て消えたストーンワールドで、石化から解放された大樹。箱根の森で、遠くに狼煙を発見した千空たち。狼煙の相手と出会う前に、追いかけて来た司に見つかってしまう。杠を人質に取られた千空は、復活液のレシピを教え、「科学を捨てる」という司の取引を受け入れる事が出来ずに殺されてしまう。コハクの姉で村の巫女・ルリが、病に侵されている事を知った千空は、コハクとクロムに、科学の万能薬〝サルファ剤〟を作ると宣言!村の少女・スイカも協力し、早速、サルファ剤に辿り着く為の、壮大なロードマップを歩み始める!ところが、千空たちは、ロードマップの一歩目〝製鉄〟で早々に壁にぶち当たってしまい、科学のグルメでマンパワーを集めようと企む。数千年の時を超えて、百夜からのメッセージを受け取った千空。村では新しい長の誕生を祝い、宴が始まっていた。そんな中、千空たちは、かつて司帝国のスパイだったゲンから、司軍が攻め入って来る事を聞かされる。ある日、世界中の人類が一瞬にして全て石化してしまう謎の現象が起こる......!それから約3700年後の世界で目覚めた千空と大樹は、文明が全て消えたストーンワールドで何度も実験を繰り返し、遂に石化を解く〝復活液〟を完成させた。司の元を離れ、箱根までやって来た千空たち。最強の武力を持つ司に対抗する為、〝火薬〟を手に入れたい千空は、箱根で必要な素材を集め、急いで火薬作りを開始する。そんな中、千空たちは、遠くで狼煙が上がっているのを発見する!このストーンワールドに自分たち以外の人間がいる事を確信した千空は、司に見つかるリスクを負いながらも合図を送るが......。人類が石化して数千年後のある日。一人で石化から目覚めた千空は、文明が全て消えた世界でサバイバル生活をスタートさせる。最低限度の衣食住を確保し、体力ゲージの限界を迎えていた千空は、体力バカの親友・大樹の石像を見つけ出し、復活させようと試みる。司に殺された千空を抱えた大樹と杠も、千空との約束を信じ、蘇生を試みるのだった。大樹たちと別れ、謎の少女・コハクと出会った千空は、コハクたちが暮らす村へと案内される。このストーンワールドで、沢山の人間が生活する光景を目撃し、驚く千空。王都アルテア周辺でのPKテロが止まった。情報屋のマリーによれば、連合を組んでいたPK集団がフィガロをはじめとする<超級(スペリオル)>プレイヤーたちによってデスペナルティに追い込まれたという。レイはその圧倒的な戦いぶりに唖然とするばかりで......。