誠凛と秀徳の戦いは、両校死力を尽くした結果引き分けに終わり、黒子と緑間はウィンターカップでの再戦を誓う。火神は、試合後の控室で話す日向と木吉の会話を偶然耳にし、衝撃を受ける。ひざの痛みに耐えながら、「今年が最後のチャンス」だという木吉...。帰宅中、その言葉の意味を問う火神と黒子に対し、日向は誠凛高校バスケ部が創られたいきさつを語り始める。1年前、バスケから離れようと決意していた日向に対し、木吉は一緒にバスケ部を創ろうとつきまとって...。全てをふっきり、再びバスケと向き合うことを決めた日向と、屋上での決意表明を見て部員の本気を感じたリコが加わり、誠凛バスケ部はついに本格始動を始める。性格はかみ合わないものの、木吉と日向の中外二枚看板で、新設校ながら異例の快進撃を見せる誠凛。『無冠の五将』の花宮が登場する。その目は、木吉の左ひざの震えを捉えていた...。ウィンターカップ予選リーグ決勝・誠凛VS霧崎第一の試合がはじまった。因縁の相手を前に入れ込む日向ら誠凛。黒子も開始早々、バニシングドライブを炸裂させる。流れをつかんだかに見えたが、霧崎第一の選手たちは、審判の死角を突いたラフプレイを繰り広げる。チームメイトを露骨に狙ってくる花宮のやり方に木吉の怒りが爆発。仲間を守るためインサイドを攻守とも全て1人でこなすと言い、反対するリコや日向の声にも耳を貸そうとしない。孤軍奮闘を続ける木吉に対し、花宮の苛立ちは高まり...。木吉の身体を張った奮闘により、誠凛は第2クォーターをリードで折り返す。木吉を愚弄し、バスケに不誠実な態度をみせる花宮に対して、黒子は静かに怒りの炎を燃やす。第3クォーターに入ると、霧崎第一は満を持して瀬戸を投入、花宮と瀬戸の連携による「クモの巣」で伊月のパスを100%スティールし、逆転。入れ込みすぎている日向のシュートも1本も決まらず、誠凛は窮地に立たされる。ウィンターカップ出場を決め、温泉旅館で身体を癒す誠凛。そこへ、近場での練習試合を終えた桐皇学園が鉢合わせる。偶然かと思いきや、今吉たちは挨拶をしにきたのだという。来たるべき再戦へ向け、黒子・火神と青峰は火花を散らす。気合いも新たに始まった合宿。誠凛メンバーはリコの父・景虎のもと、各々自分だけの武器を磨くことになった。そこに火神の姿はなく...。火神は1人チームメイトから離れ、アメリカ時代の師匠の元で修行を続けていた。ウィンターカップが開幕する。開会式の後、『キセキの世代』の主将だった洛山高校の赤司の呼び出しで、黒子を含む『キセキの世代』全員が久しぶりに一同に会した。部外者を寄せ付けない緊張感の中に、遅れて帰国した火神が飛び込んでくる。赤司との衝撃の初対面となったものの、火神の頭の中は目の前の桐皇戦、青峰とのリベンジマッチに集中していた。黒子の得点を皮切りに、猛烈に追い上げる誠凛。第3クォーター、かつて「兄弟の絆」を結んだ火神と氷室の勝負が本格開戦する。氷室は『ミラージュシュート』をはじめ流麗なプレイで「キセキの世代」と遜色ない実力を見せつけるも、火神は本領を発揮しきれない。形勢逆転を狙う日向と木吉は、『イージスの盾』と称される陽泉の鉄壁の防御を破るため秘策に出る。巧妙な戦略で紫原をイラつかせる木吉だったが、身体を張ったプレイに全身が悲鳴を上げだしていた...。窮地に立たされた誠凛は、黒子のスティールを最大限に活かす新フォーメーション、ステルス・オールコート・マンツーマンディフェンスによって陽泉に食らいつき、ベンチに下がった木吉も再出場に望みを賭け、リコと共に無茶な手段での回復を狙う。そんな中、火神は氷室の『ミラージュシュート』の正体に気付くも止められない。『ゾーン』に入って状況を変えようと焦る火神。その目を覚まさせたのは試合を控えた黄瀬の言葉だった。今できることをやるしかない。コートに戻った火神は吹っ切った表情を見せる。決勝戦も第4クォーターに突入。満を持して登場した黒子だが、当然高尾がマークにつく。黒子には高尾に対する秘策があった。火神の体力も尽きようとしていた。飛べるのはあと2回が限界。満身創痍の中、残り2分、ついに秀徳に1ゴール差まで追いつく。秀徳が突き放すか、誠凛が追いすがるか、運命のタイムアウト...。秀徳は残り時間、全て緑間にボールを預けることを決める。一方の誠凛も、キャプテン・日向の3ポイントシュートに賭ける。激戦の末、秀徳に勝利し、インターハイ予選決勝リーグ進出を決めた誠凛。帰り道で立ち寄った鉄板焼き屋で、秀徳の緑間、海常の黄瀬らとバッタリ遭遇したり、唐突に黒子が拾ってきた犬「テツヤ2号」を飼うことになったりしつつ、決勝リーグに向けた特訓の日々が続く。青峰が会場に到着しない中、桐皇と誠凛の試合が始まった。青峰抜きでも主将の今吉を中心に、各メンバーの個人技で全国レベルの強さを見せつける桐皇だが、誠凛もチームプレイで対抗する。桐皇マネージャーの桃井による、圧倒的な情報収集力と、現状のみならず成長性まで読み切った分析力により、はじめて見せる連携プレイですら阻止されてしまう。本領を発揮させないまま誠凛を封じ込めようとする桃井...。第2クォーター残り30秒、誠凛が10点差まで追いすがったタイミングでついに青峰が到着した。アップがてらサクっと1本決める、と早々にスーパープレイを披露する青峰だが、黒子&火神も応戦、一歩も退かず、会場のどよめきを誘う。想像より手応えのある誠凛コンビに対して青峰のモチベーションは高まり、後半への意欲を見せる。一方の誠凛は、ミスディレクションが弱まってきた黒子を一旦温存し、火神が青峰を抑える作戦に賭ける。青峰の、セオリーを無視したストリートスタイルのバスケに、誠凛は手も足も出ない。火神が必死に追いすがるも、青峰は軽々とその上をいき、点差はじわじわと開いてしまう。これ以上離されたら勝機がなくなる誠凛は、満を持して黒子を投入し、パスワークで点差を縮めていく。中学時代、誰よりも黒子のパスを受けた青峰には、黒子のパスが見えていた。スティールからの5人抜き、という離れ業で誠凛を蹴散らした青峰は、黒子に対して「お前のバスケじゃ勝てねぇよ」と言い放つ...。圧倒的大差で桐皇に敗れた誠凛。続くリーグ戦2戦にも全力で挑むが、青峰に自分のバスケが通用しなかった黒子は精彩を欠き、また足の負傷を悪化させた火神が欠場する中、連敗...誠凛のインターハイへの挑戦は幕を閉じた。それはウィンターカップを目指す、新たな戦いのスタートでもあった。青峰の爪痕は黒子と火神の不協和音を生んでいた。チームに合流した木吉は、いきなり火神と1ON1の勝負を挑んだり、格下相手の練習試合を黒子・火神ほか1年生メンバーのみで戦わせたり、とまるで何かを企んでいるかの様だ。木吉の狙いは、青峰に負けたことをきっかけに、プレイが自己中心的になりつつある火神に、チームワークの大切さに気付かせるため...と思いきや、火神のことは全く心配しておらず、真の狙いは、黒子に現在のバスケスタイルの限界に気付かせるためだった。そんな中黒子は日向に、自らスタメン落ちを申告する...。それぞれ今よりもっと強くなり、より大きな力を合わせて『キセキの世代』を倒す...黒子と火神の思いは交わり、ウィンターカップへ向けての新たな挑戦がスタートした。夏合宿で問題となるであろう、絶望的なリコの料理の腕前も、火神の指導により何とか上達、いざ海辺での夏合宿がスタートした。各個人の動きのクオリティ向上のため、通常の3倍という地獄の練習メニューをこなす誠凛。宿で何と緑間ら秀徳高校メンバーと遭遇する。地獄の夏合宿で、秀徳との合同練習に臨む誠凛。1人別メニューの火神は『キセキの世代』に対抗するため、得意の空中戦に磨きをかけることを目指すも、緑間との1ON1で空中戦で完敗してしまう。火神は緑間に負けた理由と、今後の課題がハッキリと見えていた。そんな火神を前に、黒子も自分の新しいバスケを見出そうとしていた。何とか合宿を乗り越えた誠凛は、そのままインターハイ観戦に向かう。対戦カードは海常VS桐皇。一度見たプレイは完璧にコピーできる、天才・黄瀬をもってしても、唯一無二のスタイルを誇る青峰のプレイはコピーできない。青峰に勝つために黄瀬、そして海常が選んだのは、青峰のコピーに挑戦することだった。9点差を追いかける海常だが黄瀬のコピーが完成するにはまだ時間がかかる。迎えた第3クォーター、桃井の予想より遥かに早いペースで青峰に迫る黄瀬だが、一方の青峰も一歩も退かない。インターハイ準々決勝、海常VS桐皇はついに第4クォーターに突入し、青峰と黄瀬の一騎打ちは、どちらも一歩も退かないまま残り時間1分を迎える。攻める黄瀬、守る青峰。キセキの世代同士のハイレベルな激突を会場で目の当りにした誠凛メンバーたち、そして秀徳の緑間、高尾らは、来たるウィンターカップへ向けての思いを馳せる。黒子と火神は、改めて、力を合わせてキセキの世代を倒す、という誓いを交わすのだった。ガンダム強奪グループが属する特殊部隊の母艦ガーティ・ルーは、司令官ネオの指揮でザフト護衛艦隊を撃沈する。これに呼応するように強奪グループのスティング、アウル、ステラは撤退を始める。追いすがるインパルスとレイのザクファントム。この不測の事態に対し、新造艦ミネルバの艦長タリアは艦の発進を決意する。発進したミネルバ内に収容されたアスランとカガリ。デュランダルは2人にミネルバ内を案内する。その想像以上の戦力に憤るカガリ。「我々は誓った筈だ!もう悲劇は繰り返さない、互いに手を取って歩む道を選ぶと!」その言葉に過剰に反応し、怒りをぶつけるシン。その時、ミネルバは再びガーティ・ルーを捕捉する。ガーティ・ルーを追い、デブリ帯に突入したシン達。ミネルバとシン達はネオの策略に嵌って戦力を分断されてしまう。アスランの助言で何とかガーティ・ルーにダメージを与えたものの、余力のないミネルバは追撃を諦める。その頃別の宙域では、安定軌道にあったユニウスセブンが、地球に向けて降下し始めていた。地球連合は「ユニウスセブン落下事件」をザフトの仕業と決め付け、プラントを敵と見なす共同声明を発表。地球軍では、開戦へ向けて準備が進んでいた。デュランダルはあくまでも対話による解決を主張するが、国防委員会は目の前に迫った地球軍に対して軍を動かす。その頃、プラントへ着いたアスランは...。ラクスの暗殺未遂事件を知ったアスラン。それでもデュランダルを信じるアスランは、キラたちにオーブの戦争参入を止めさせるように言う。シンの緊急連絡を受けたミネルバは、急遽調査中の施設に向かっていた。シンたちの調査により、その施設は地球連合軍が強化人間を極秘開発していたラボだったことが判明して...。ガイアのパイロットだったステラを収容したミネルバ。シンは、彼女が地球連合軍の強化人間であることを知り、激しく動揺する。その頃、ステラを損失扱いするよう指示されたネオは、スティングとアウルからステラに関する記憶を抹消していた。ラクスはバルトフェルドと共にプラントに向かうことを決めて...。アスランとキラたちの会談を監視していたルナマリアは、その調査データをタリアに提出するが、本物のラクスが何者かに命を狙われた件に関しては言い出せずにいた。ステラは、強化人間ゆえに通常の治療を施せないまま、徐々に弱り始める。そんな中、ネオはミネルバの追跡・破壊をジブリールに改めて厳命されて...。ミネルバは、クレタ沖でオーブ・地球連合の同盟軍と再度交戦する。地理的に不利な状況に追い込まれるミネルバだが、アスランとシンはアビスとカオスに邪魔され、援護できない。そこに再び現れたフリーダムとアークエンジェルがミネルバの窮地を救うが、度重なるアークエンジェルの介入に怒ったシンは...。シャトルを奪ったラクスは、小惑星に隠されていた戦艦・エターナルと合流した。デュランダルは彼女を偽者として捜査するよう指示すると、暗い執務室で自らの過去へと思いを馳せていた。人に定められた運命があるのだとしたら、足掻きながらも生きることに意味はあるのだろうか、と疑問を感じたデュランダルは...。アークエンジェルに合流したアマギたち。オーブの理念のために戦いたいという彼らを、キラたちは暖かく迎える。激戦を終えたミネルバは、ジブラルタルを目前にしながら、修理と補給のために足止めされていた。そんな中、シンは偶然、タリアと軍医が交わすステラの処遇についての会話を聞いてしまい...。ステラを逃がすという軍規違反を犯したシンは、レイと共にミネルバの営倉に拘束された。その頃、ネオはミネルバ追撃の任を解かれ、新たな命令を受けてロシアへ向かった。ネオは、シンとの約束を守れないことを不甲斐なく思いながらも、回復したステラに巨大な可変モビルスーツ・デストロイガンダムを与えて...。