ミセル動電クロマトグラフィーは中性物質が、電気泳動では分離できないという欠点を克服したクロマトグラフィーです。界面活性剤を、ミセルができる濃度以上に加えておいて電気泳動することによりミセルがすごいゆっくり陰極へと移動していきます。ミセルに親和性の高い物質は、より移動が遅くなります。ミセルへの親和性の違いにより、分離されます。イメージとしては、流れるプールがあって、底にゴミがいっぱいたまってたんで人間をたくさん投入して、流れるプールと逆向きに精一杯泳がせるイメージです。流れるプールが電気浸透流、ゴミが中性物質、大量の人間がミセルに対応します。人間は、あがきながらも、少しずつプールが流れる方向に流れていきます。人間がバタバタしているので、底のゴミがばしゃばしゃ一緒に流れていきます。人の肌にくっつきやすい物質だったりしたら、人と一緒にゆっくり流れていきます。複数のペプチドを分離することはできてもペプチドのアミノ酸配列を決定することはできません。アミノ酸配列決定は、エドマン分解などで行います。