蓮如上人の弟子となった、常陸の国の釈正善が、長門国に下って、大永年間(1521~28)に豊浦郡西市に堂を建てたことに始まるとされています。その後、内日、幡生へと移転して、九代目の月印和尚まで相続し、享保17年(1732)に現在地に移転しました。幕末には、松下村塾で高杉晋作とともに双璧と言われた、久坂玄瑞が中心となって結成した有志隊が寄宿していました。有志隊は、長州に亡命していた公卿中山忠光を総帥に戴き、光明寺を本営としていたことから、「光明寺党」と呼ばれていました。文久3年(1863)5月には、この光明寺党が壇之浦砲台に向い、庚申丸からアメリカの商船ペンブローク号に向けて、馬関攘夷戦の第1弾を放ちました(亀山砲台跡参照)。後の奇兵隊の核となったのも、この光明寺党でした。常陸の国の住人で結城の人、平重充の孫である。延徳年中に上杉の兵乱の時分に、関東より泉州堺の善教寺へ趣き、滞在した。その折り、蓮如上人の門弟となり、御真筆の名号壱幅を下附された。その後、善教寺にて剃髪し、住職釋正意より法名釋正善を授かる。このとき、系図一巻、太刀(延国)一腰、善教寺に収める。(おとなし)に滞在する。大永年中に幡生村にまかりこす。十八代晃雄のとき、焼夷弾の空襲に遭う。本堂の屋根に「大穴」が開き、しばらくトタン板で凌ぐ。山門と鐘楼が焼失する。平成8年(1996)二十代哲朗のとき、60年ぶりに本堂屋根等の改修工事。