スルターン・アリーの占領下に置かれたサマルカンドはシャイバーニーから圧力を加えられており、1500年にスルターン・アリーはシャイバーニーとの和平を図って、シャイバーニーにサマルカンドを明け渡した[14]。バーブルはサマルカンド陥落に先立つ1500年5/6月にサマルカンドの廷臣の招聘に応じて進軍しており、サマルカンドがシャイバーニーの占領下に置かれた後も町の近郊に留まって奪還の機会をうかがっていた。した状況下で、サマルカンド内で強い影響力を持つウラマー(神学者)のホジャ・アブリメカリムは、バーブルにサマルカンド開城を手引きする書状を送った。夜間に70-80人のバーブルの部下がサマルカンド城内に侵入して城門を開け、城外に陣取っていたシャイバーニーは形勢が不利だと考えて退却したバーブルはアブルメカリムらサマルカンドの有力者や高官に迎え入れられ、王に擁立された[18]。ウズベクによる略奪のために食糧が欠乏したサマルカンド周辺は飢餓に襲われており、バーブルは兵士を養うことができないために軍隊を解散しなければならなかった[18]。バーブルの窮状を知ったシャイバーニーは、精鋭を率いて再びサマルカンドに進攻する。1501年、援軍を待ちきれなかったバーブルはザラフシャン河岸でシャイバーニーを迎撃するがサリ・プルの戦いで敗北し、サマルカンドに立て籠もった。食糧が欠乏したサマルカンド市内は無政府状態に陥り、多くの市民が町から脱走した[19]。飢えに悩まされたバーブルは、4か月の籠城の末にサマルカンドを放棄しなければならなかった[20][21]。姉のハンザーダ・ベギムをシャイバーニーの元に送る屈辱的な条件を飲んで和平を結び、バーブルは叔父のマフムード・ハンが統治するタシュケントに退却した[22]。タシュケントでは困窮した生活を送り、多くの人間がバーブルの元を去った[23]。バーブルはマフムードの支援を受けてスルターン・ムハンマド・タンバルと戦うが、好機を逃して敗北を喫する。ある戦闘でバーブルは右脚を矢で射抜かれて負傷し、アフスィ近郊の戦闘では惨敗し、1人で山中を逃走した。1503年4月にバーブルはタシュケントを攻撃したシャイバーニーに敗れて撤退し、マフムードとその弟アフマド・アラクは捕らえられてモグーリスタンに追放された。翌1504年4月にシャイバーニーはタンバルを破ってアンディジャンを占領し、故郷の喪失を知ったバーブルは南のホラーサーン地方への移動を決意する[24]。1504年6/7月にバーブルは少数の部下を率いてアフガニスタン方面に南下するが、一行はぼろぼろの衣服を着、野営のための十分な設備も持っていなかった[25]。移動中、ウズベクから逃れようとした多くのモグール人(モンゴル人)がバーブルの軍に合流する[24]。南下するバーブルの元にヘラート政権の君主フサイン・バイカラから防備の協力を求める親書が届くが、バーブルはシャイバーニーに対して攻勢に出ることを企てていたため、共同作戦は実現しなかった[26]。バーブルはヒンドゥークシュ山脈を越え、アルグン部出身の領主ミールザー・ムキームが領有するカーブルを包囲した。ムキームは抵抗をすることなくバーブルに臣従とカーブルの譲渡を申し出、1504年9月にバーブルはカーブルを征服した[27]。