繁殖は精包の受け渡しを通じて行い、雌は生殖肢を用いて雄の精包を拾う。雌雄はお互いの後端に向き合うように輪に囲んで、触角で相手の曳航肢に触る配偶行動が知られる[19]。卵生で、ゲジ類とイシムカデ類の幼生は孵化から既に単独生活をするが、ジムカデ類・オオムカデ類・ナガズムカデ類の雌は育児習性をもち、卵と初齢幼生の世話をする[33][34]。幼生の成長様式は分類群によって異なる。ゲジ類・イシムカデ類・ナガズムカデ類の初齢幼生は成体より少数の脚と体節で生まれ(それぞれ4対・6/7/8対・12対[2])、成長するたびに脱皮を通じてその数を増やしていく(増節変態)[2]。この特徴に因んで、これらのムカデ類は「改形類」(Anamorpha)としてまとめられてきた。ゲジ類とイシムカデ類は複数回の脱皮を通じて15対に達するが、ナガズムカデ類は1回だけで15対になる[29]。オオムカデ類とジムカデ類は、孵化から既に成体の同様の脚と体節の数を揃い、「整形類」(Epimorpha)をなす[2]。