基本的な祀り方は神棚と同じです。御神体となる神様が生粋の神様か祖霊(ご先祖様)かの違いだけですので、お供えする神具も、<榊立(1対)・瓶子(=徳利・1対)・水玉(1個)・皿(2枚)・ローソク立(1対)・神鏡(1個)>で、神棚と変わりはありません。御札のかわりに、霊代(みたましろ)を置きます。祖霊舎の扉はつねに開けておきますが、霊代を入れる内扉はつねに閉めておきましょう。通常の大きさの祖霊舎には、霊代をしまう内扉がついていますので、その中に霊代を置きましょう。小さめの祖霊舎は、霊代を入れる内扉がついていません。霊代を見えないようにするために、祖霊舎用の戸張(とばり)を、霊代の前にかけます。小型祖霊舎は、神棚と同じように棚板またはかわりとなる板の上に置き、祖霊舎の外に神具を配置します。瓶子(徳利)お酒を入れます。向かって右側に塩、左側にお米を入れます。※お水とお米の場所が入れ替わる場合もあります。榊は、毎月1日と15日に新しいものに取り替えます。その他のお供えは毎日取り替えましょう。祖霊舎の場合、神様をお祀りすると言っても身近な存在ですから、一通りの神具のほかに生花や果物、なかにはお線香をあげる方もおられます。お祀りする方の心が、これらを供えることで「ホッ」とできるのでしたらこれはこれでとても好ましいことです。祖霊舎のお手入れは、神棚同様にハタキをかける程度で結構です。祖霊舎は白木で出来ていますから、いきなり雑巾がけをするとかえって汚れてしまう場合があります。手垢等が気になりどうしても拭き掃除がしたい場合は、事前によくホコリをはたいてから、綺麗なタオルで一回一回面を変え、タオルの汚れが祖霊舎につかないように丁寧に拭きましょう。