1578年、長崎港が龍造寺氏らによって攻撃されると、純忠はポルトガル人の支援によってこれを撃退し、1580年に長崎のみならず茂木の地をイエズス会に教会領として寄進した。代理人として4名の少年が中心となり、使節団の中には純忠の甥にあたる千々石ミゲルもいた。天正遣欧使節は1584年にスペインでフェリペ2世に謁見し、1585年には教皇グレゴリウス13世に謁見する。これによってヨーロッパの人々に日本の存在が知られる様になり、天正遣欧使節が持ち帰ったグーテンベルク印刷機によって日本語書物の活版印刷が初めて行われた。純忠には洗礼名を持つ4人の息子、喜前(サンチョ)・純宣(リノ)・純直(セバスチャン)・純栄(ルイス)がいたが、龍造寺隆信の圧迫から喜前(サンチョ)を除く3人が人質に取られ、大村氏は龍造寺氏に対してほぼ従属状態となる。決戦した「沖田畷の戦い」で、龍造寺氏は総大将の龍造寺隆信を筆頭に多くの重臣が討ち死にして総崩れとなり、佐賀城に向けて撤退した。「沖田畷の戦い」の結果により、龍造寺氏の傘下にあった勢力は一気に島津氏に寝返り、島津氏の勢力は筑前・筑後まで拡大し、以後、九州は島津氏が最大勢力として君臨するようになる。龍造寺氏に従属状態であった純忠だが、島津氏とともに龍造寺氏と戦った有馬氏は親族であるため、戦いには空鉄砲を撃つほどに消極的だったので「沖田畷の戦い」後に、大村氏は島津氏の追撃も受けずに開放された。1587年、純忠は咽頭癌と肺結核に侵されて重病の床であったので、代わりに19歳の嫡子・喜前(サンチョ)を豊臣秀吉の九州平定に従わせることで、領地を保証される。病で衰えた純忠は神父を呼んではたびたび来世の事を話して欲しいと願い、それを聞きながら大いに満足して涙を流したという。死を悟った純忠は、領内に拘束していた捕虜200名を釈放し、死去の前日には可愛がっていた小鳥を侍女に命じて籠から逃がしたが、この時、侍女が小鳥をぞんざいに扱ったため純忠は怒りをあらわにするが、怒る事は神の意思に反すると思いなおし「小鳥はデウス様が作られたものであるから、今後とも愛情をもって扱ってほしい」と言って侍女に立派な帯を与える。)で55歳にして死去した。その後、豊臣秀吉によってキリスト教宣教と南蛮貿易を禁止する「バテレン追放令」が出される。織田信長の政策を継承し、キリスト教布教を容認していた豊臣秀吉が「バテレン追放令」を出した理由は諸説あるが「キリスト教が一向一揆のように反乱につながるのを防ぐため」「キリスト教徒が神道・仏教を迫害をしたため」「ポルトガル人が日本人を奴隷として売買していたため」「秀吉が連れてくるように命じた女性がキリシタンであることを理由に拒否したため」などとされている。純忠の生前の暴走ともいえるキリスト教信仰および優遇も遠因ではあったかもしれない。