比較をおこなって編集した結果を保存するとデフォルトの設定では、バックアップファイルを作成してしまいます。ファイルを壊してしまったとき復元できるわけですからありがたいといえばありがたい機能で。あるべき機能だとは思います。上に残っているわけなので、いちいちバックアップファイルが作成されると、フォルダのごみとなってしまうだけなのです。「作成するバックアップ」欄の「フォルダ比較」「ファイル比較」のチェックを外します。