僧慶順によって開創されました。建築様式となっています。昭和57年にはその歴史的価値が認められ、長崎県の有形文化財に指定され、平成22年、平成の大修理により文政7年(1887年)頃の姿に復元され国の重要文化財(建造物)に指定されました。本堂の外陣奥には仏様「びんづる様」が祀られています。清水寺のびんづるさんは右手が取り外しできるようになっており、安産祈願に来られた妊婦さんがその手でお腹をさすり安産をお祈りします。