社伝によれば貞観年間(859~876)以前の創建。海辺の農村であった福徳村の鎮守で、村の名に因んで福徳稲荷と呼ばれていたそうです。古くより武将の信仰を受け、源義家や太田道灌も崇敬していたと伝えられています。天正18年(1590)江戸に入府した徳川家康が参拝。慶長19年(1614)には徳川秀忠が参拝しました。この時、当社のクヌギの黒木鳥居に若芽が出ているのを見て、「芽吹神社」の別名が与えられたといいます。