codeに徐々に移行していきます。codeに移行2018-09-06Qiitaに移行することにしましたちょっと前までQiitaはニッチな情報系のエンジニア向けのサービスでしたが、最近は科学技術計算のエンジニアも結構Qiitaにいてて,まじめにFEMやマルチボディダイナミクスの定式化を紹介してたりします。自分もQiitaに移ろうと思います。練習...Qiitaに移行することにしました2017-05-14netcdfのインストール(C,C++,Fortran)netcdfは、日本のスパコンには標準装備でインストールされているようだ。汎用的なデータ保存用フォーマットとして便利そうなので、手元の環境にインストールした。configureのオプションだけまとめる。C版が基本になっており、C++とFortran版はC板...netcdfのインストール(C,C++,Fortran)2017-05-02Ubuntu16.04へのVTK7.1のインストール言わずと知れた可視化ライブラリVTKであるが、その機能はフリーソフトparaviewにより簡単にGUIで使用することができる。物好きでもない限りわざわざVTKを触る必要もない...と思っていた。Libraryでの大規模疎行列の直接解法<実践>MKLは普通にLAPACKが使えるのだが、なぜか直接解法ソルバであるPARDISOがデフォルトで使用できる。inの削減(metisを使用している?)が行われている。Libraryでの大規模疎行列の直接解法<動機>そこらの教科書による独学で力学分野における数値計算を学び、プログラム実装を行う場合、悲しいことに、連立方程式のソルバの検討に一番時間を食う。理研のソフトウェアFXgenをUbuntuにインストールした。いえ、すでに実行ファイルが配布されているので特に難しくはない。2つほど動的ライブラリが見つからないと怒られたので、下記で対応した。雑記(自分の中では)大規模な数値解析用プログラムを作成しており、静的ライブラリを複数作ってコンパイルする必要にかられている。下記のリンクの問題を知らず、数時間ずっと悩んでいた。リンクの順番にも依存関係あるのね。studioよく忘れるので、完全に自分のためのメモを作成する。情けないことにこれを調べずいつも戸惑っていた。忘れないようリンク残します。ソフトウェアのインストールができなかったりということが多々ある。爆速かつ可読性のよいコード作成のため、表題の内容に手を出した。自分の専門性を見失っている気がする。基本的には下記を参考にすればよい。2016-04-27vtkDataの全てがここにあるライブラリ開発元が大量にサンプルを出していることに今気づいた。KitwarePublicvtkDataの全てがここにある2016-04-27paraviewによる並列計算結果の一括可視化フォーマットライブラリしばらく前から探していた、並列計算結果のparaviewでの出力フォーマットを発見した。これを以前のhdf5と組み合わせれば、たいていの結果の可視化には耐えうるのでは。installで終わりだろうと思っていた時代が...僕にもありました...。今時Latexかよ、wordでいいじゃんと、言いたい奴には言わせておけばよい。数理系ではまだまだ現役だし、適切なテンプレートがあれば入力は非常にはかどる。いえ、以前のエントリでも記入した通り、作業環境の構築が地味にめんどい。text3でLatex2016-02-03vtkファイルフォーマット(バイナリ形式)バイナリ形式によるvtkファイルのフォーマットがやっとわかったので書き留めておく。意外と日本語で解説している人、いないのよね...。雑記これまでにググったC/C++の用語をまとめておく。意味が分かっている単語もそれが大量に羅列されるとストレスがたまるので、そこそこ簡単なものも節操なく書く。c++の絵本読めばわかるレベル。構造体やクラス内で定義された関数や...C/C++用語集2016-01-27netcdf-4.4.0のインストール(Ubuntu14.04)データ管理用フォーマットとして名高いnetcdfをインストールした。installで終了。helpを見てもhdf5との依存関係の設定方法が書いてなかった。開発環境ちょっと調べたらすぐ見つかったのでメモ。Wiki便利な世の中ですね。これでFFV-Cはかなり使いこなせつつある。Vmwareにおいて、Linuxの仮想環境ではVmwareが提供するvmware-toolsではなく、Linux側が提供するopen-vm-toolsの使用を推奨しているはず。open-vm-toolsのみをインストールしても共有フォルダが有効化できない。text3に変更を試みた。Windows8.1)2016-01-19ubuntu14.04へのFFV-Cのインストールボクセルベースの流体解析は理研がもう十年くらい頑張って開発しており、その最新版がこれらしい。便利そうだし、まだメンテナンスもされていそうなので、期待して使用を試みた。inst...ubuntu14.04へのFFV-Cのインストール2016-01-17openFOAMの解析結果処理:閾値で指定した領域体積の時系列データ取得openFOAM2.3.1タイトルの操作はopenFOAMに実装されているfunctionでは無理そうで、paraviewによる代替案を記録しておく。文書を一元管理できるwikiの構築を数か月前から検討していていた。latexが使用できるwikiならば何の問題もないと考えた。workstationに一本化されたらしい。workstationの無償版の形でplayerが存在するので、そちらにupgradeした。使い心地は大して変わらない。Excelでぱっと書けるかと言われるとそうでもない。stduioであろう。忘備録としてコマンドとreferenceをまとめておく。XDMFpolylineデータ可視化のためのXDMFファイルを作成した。以前紹介したサンプルデータよりもシンプルに書ける。vtkフォーマットと作成の労力は全く変わらないと思う。下記では2点で構成されているline要素を4つ表示する。開発環境VCAD関連のソフトウェアの件でちょっとガッカリ感が否めなかった理研のフリーソフト群だが、面白そうなものを見つけた。計算科学研究機構(AICS)ちゃんと今年も保守作業をしている。Parserのインストール2015-11-122015年11月におけるAWSでのリージョン変更AWSアメリカで使用していたAWSのインスタンスを日本で使おうと思うと、sshが非常に重くてデータの通信に相当な時間を消費する。原因はインスタンスのリージョンをアメリカにしているからで、物理的に遠いのだから仕方ない。ブログを報告するスターをつけました引用をストックしましたストック一覧を見る閉じる引用するにはまずログインしてくださいログイン閉じる引用をストックできませんでした。再度お試しください閉じる限定公開記事のため引用できません。