そこで収集されたものが「漁業制度資料」で、研究員が全国の漁業組合や旧家を訪問し直接資料を収集するという形ですすめられ、近世~近代の全国の漁業・漁村制度に関する約5万点の古文書と、それを筆写した20万点の筆写稿本が収集されました。(筆写稿本については「漁業制度資料:筆写稿本DB」を参照)。:1982年に財団法人を解散し、研究所は神奈川大学の組織となり、それまでの事業も受け継ぎました。漁業制度資料のうち借用したままになっている古文書を返却する仕事は大きなものでしたが、それがきっかけで、あらたに寄贈の申し出を受けたものがあります。研究所は「資料は地元で保存する」ことを原則と考えておりますが、それでも寄贈、寄託、購入などの形で受け入れた資料もあります。その代表的な資料群として中世・近世・近代の資料を含む二神家文書があります。)に詳しく記されています。本研究所では、研究所の神奈川大学への招致以来、所員を中心にマイクロフィルムで撮影することによって各地の古文書などの資料収集を進めてきました。初期の段階では経費が潤沢でなかったこともあり、研究者の個人的興味により、抜粋して収集されるようなこともありました。そのため、収集した当事者しか活用できないような収集物もあります。その後、収集に当たっては系統的に収集することに心がけ、収集者に限らず、一般の研究者にも十分活用できるような収集資料となっております。公開を前提として収集された資料ではありませんが、その後、原資料が災害や事故により滅失した資料もあり、今となっては資料のバックアップという意味でも有用なものとなっております。多くの収集資料は学術研究に活用してもよいとの認識のもとに撮影を許可されたものではありますが、撮影当時は一般に公開することまでは想定されていなかったものも多く含まれています。研究所としては、原資料所蔵者と話し合いの機会をもち、資料公開について確認書を取り交わす作業を進めつつあります。確認書の公開条件にしたがって、順次公開して行きたいと考えております。