JR西大山駅は単式1面1線の地上ホームを有する指宿枕崎線の無人駅である。単式ホームのために上り線、下り線ともに同一ホームを使用する。日本最南端の駅としても有名であり、そのことを表示している標識がホーム端に立っている。2003年8月10日に沖縄都市モノレール「ゆいレール」が開業したため、厳密に言うと日本最南端ではなくなってしまった。そこで現在では“JR最南端の駅”という表示に変わっている。西大山」というものも立っていて、そこには以下のように書かれている。434キロ1960年3月22日に開業した。周辺に畑が広がり、民家は見当たらないが、近くには国道が走り、工場も見える。13:52:54JR西大山駅ホーム。“薩摩富士”と呼ばれる開聞岳が見える。