Pocketアライメント。要するに配列を比較し、並べる操作を指します。遺伝子の発現量を測定したいときなど、遺伝子解析においてはアライメントを必要とする場面が多々登場します。配列の類似度を表す基準は複数あり、その計算方法も複数あるため、いろんなアライメントツールが登場してきています。代表的なアライメントツールとしては、BWA、Bowtie、TopHatなんかがあげられますが、こんなのを使っていると、全然内部のアルゴリズムを知らないまま、アライメントができてしまいます。常日頃から思っているので、EMBOSSのneedleを使ったアライメントを内部のアルゴリズムに触れつつ、ご紹介します。アラインメントの種類アラインメントには、大域アラインメントと、局所アラインメントトの2種類あります。調べたい配列や、研究目的によって、どちらを行うか決定します。alignment)二つの配列の全長にわたってアラインメントを行なったときの最も良いスコアが計算されます。algorithm等が挙げられます。alignment)各配列の部分配列同士のアラインメントを行なったときの最も良いスコアが計算されます。algorithm等が挙げられます。アルゴリズムは、2つの配列の相同性を算出するアラインメント用の(恐らく)最も古いアルゴリズムです。アルゴリズムここを読みましょう。algorithmインタラクティブなデモンストレーションができます。https://www.ibm.com/developerworks/jp/java/library/j-seqalign/index.htmlJavaによる実装が載ってます。要は、配列二つを並べて、マッチミスマッチギャップのどれに該当するかでそれぞれのスコアを決定し、スコアが最も高くなるような配列を動的計画法によって求めるアルゴリズムです。解析用ソフトウェア・パッケージ。ウェブからの透過的な配列データ検索、様々なフォーマットを持つデータの自動処理なんかが可能。プラットフォームをサポート。Win、Macでも動作可能。algorithmを実装したものです。algorithmを使ったアラインメントがお手軽に使えちゃいます。実践!GUI版もあるが、コマンドで実行できたほうが何かと便利なので、以下ではCUI版を試します。embossそれ以外は以下を参考にインストールしてください。コマンドで実行します。実行の際には、引数を与えてギャップペナルティー等を指定します。sequences指定可能な他の引数についてはここを参考にどうぞ。留意すべきこととして、伸長ペナルティーは開始ペナルティーより小さく設定することが多いです。今回指定した項目は以下の8つ。Gapの開始地点でのペナルティースコア。Gapの伸長地点でのペナルティースコア。5'末端、3'末端において、Gapペナルティーの重みづけを行うか否か。配列末端におけるGapの開始地点でのペナルティースコア。配列末端におけるGapの伸長地点でのペナルティースコア。{入力ファイル名1}.needle引数を指定しないと、最低限必要な入力ファイルやパラメータについてインタラクティブに聞かれます。sequences結果ファイル出力ファイルは以下のようになります。視覚的にわかりやすい図が作成され、アライメントスコアが算出されます。今回の場合だと、アライメントスコアは935.0でした。1171#---------------------------------------#---------------------------------------是非お試しくだされ。(5)月別アーカイブはてなブログをはじめよう!kimoppy126さんは、はてなブログを使っています。ブログを報告するスターをつけました引用をストックしましたストック一覧を見る閉じる引用するにはまずログインしてくださいログイン閉じる引用をストックできませんでした。再度お試しください閉じる限定公開記事のため引用できません。