島式2面4線の地上ホームを有する有馬線の駅である。実際の運行上は有馬線と三田線は直通運転されていて、むしろ有馬口から有馬温泉の区間が支線扱いになっている。1番線が有馬線から直通する三田線下り、2番線は有馬線から直通する有馬温泉行き下り、3番線は三田線から有馬線に直通する上り、4番線は基本的に有馬温泉と有馬口の折り返し列車が使用する。湊川から電鉄有馬(現・有馬温泉)までの区間を敷設したもので、この時同時に「唐櫃」の名称で終着駅として開業した。2年後の1949年4月30日に神戸電気鉄道に社名変更する。1951年3月20日に「唐櫃」から「有馬温泉口」に改称、1954年9月1日に「有馬口」となった。2006年1月22日に駅構内で脱線事故が発生、2013年5月28日にも再び駅構内で脱線事故が発生した。2度目の事故を受けて駅構内の配線を見直し現在の形に配線変更する工事が施された。