船舶運営会の運航する船舶の乗務員で死亡した者。より死亡した乗員(「阿波丸事件」を指す)。沖縄県の疎開学童死没者(輸送船対馬丸で沖縄から鹿児島への学童疎開中に敵潜水艦により撃沈された小学校児童達を指す)。維新殉難者として合祀されている。側の戦没者を契機として創祀された事情から戊辰以降の戦没者を対象とする合祀基準を、嘉永6年に遡らせたためである。戊辰戦争での旧幕府軍の兵士や、奥羽越列藩同盟の兵士、新選組や彰義隊などの旧幕臣の戦死者は祀られていない。禁門の変で長州藩勢との戦いで戦死した会津藩兵らは、朝廷(天皇)を守護したとして祀られている。明治元年(慶応4年、1868年)2月15日に起きた堺事件(土佐藩の隊旗を奪ったフランス人水兵を土佐藩兵が殺害した事件)の責めを受けて、堺(現大阪府堺市)の妙国寺で切腹した11人の土佐藩兵は祀られている。