氏子坂本氏が当地へ勧請したものと伝えられる。承応3年に現存していたことは古文書に記録されている。寛永15年松平直政の崇敬社となり、二代の松平綱隆の代から松江藩主松平氏の準産土社となる。寛文7年、元禄10年、天保13年に松平氏より正遷座祭が行われている。明治5年3月12日村社に列格、明治40年9月27日幣饌供進社に指定される。昭和21年神社本庁包括の宗教法人となる。5社を合併し現在に至る。宇由神社は風土記所載の古社である。