0ヤマトはアイラの侍女マドヤから、ムー王国が味わった悲劇を聞かされる。そこにヤマトの来訪に不信感を抱く四剣士の一人、ゾルバが現れ、剣を抜く。0新たに作った石盤のレプリカのおかげで、謎の装置は奇岩島のイメージを浮き上がらせた。エルド達の消息を聞いたヤマトらは現地カムール島へ船出。1王宮を追われたムーの人々は、西の砦を目指す。そこにはすでにヨナメ率いるシャーマン部隊が待ち構えていた。0石盤を入手し、ついに玉座についたエルド。1西の砦の噴火をゴッドマジンガーと共に抑えたヤマトは倒れてしまう。神殿からゴッドマジンガーの姿が消えた。2死の予兆に怯えるドラドは再び移動要塞に乗り、エルドの秘密基地を急襲した。1ヤマトは夢の記憶を元に、ある模様をスケッチする。それを見たマドマは王宮の噴水の底面の紋様にそっくりだと気がついた。0国民への責務に気が急くばかりのアイラは、戦いが無いからとブラブラしているヤマトと喧嘩してしまう。0奇岩島に赴くヤマト達。絶壁を登ると山頂にはムーの紋章をかたどった大きな穴が開いており、中は空洞になっていることを発見する。2宴の夜、ドラド直属の女戦士・シャーマン部隊が、ゴッドマジンガーの神殿に忍び込んだ。0ついにヤマトは倒れ、ゴッドマジンガーも姿を消した。エルドは奇岩島に現れたピラミッドに入り石盤をセットすると、古のムーの祖先のホログラムが出現。2マジンガーが神殿を去ったのは「光宿しもの」が王宮の外にあるからと察し、アイラらは離宮の探索に出向く。0恐竜工場の跡地から敵の本陣・ドラゴニア城へと通じる坑道を見つけたヤマト達は、王ドラドの居室に忍び込む。0砦の地下神殿でおびただしい数の石盤と、それを収める装置を発見したヤマト達。装置のくぼみに石盤をはめ込んでみるが何事も起こらない。0いまや王宮はドラゴニアに占拠され、ムーの人々は流浪の民となった。1奪われた石盤を取り返すため、ヤマト達はドラゴニア城に潜入した。ドラドと剣を交えるヤマトだが、その力に屈し囚われてしまう。2占術の結果からブラーは「光宿しもの」を求めて、凶暴な石喰い竜を連れムーの西の砦に攻め入る。0無理を押して再びマジンガーで湖底に降りるヤマトだが、怪物に遭遇。生活に退屈していた火野ヤマトはある日、不思議な呼び声に導かれて古代世界に飛ばされてしまう。そこはドラゴニア帝国の侵略により危機をむかえたムー王国だった。ヤマトは女王アイラの祈りと神殿の石像の神秘の力によって呼び寄せられたのだ。ヤマトはその石像と一体化、ムーの守護神ゴッドマジンガーとなり、ドラゴニア軍と壮絶な戦いを繰り広げていく。『マジンガーZ』のイメージを継承しつつ舞台を超古代に移し壮大な物語を展開した永井豪の原作を、アニメ化にあたりキャラクターデザインに『キャッツアイ』の平山智、作画監督に『六神合体ゴッドマーズ』の本橋秀之、音楽には羽田健太郎を迎え洗練されたロボットファンタジー作品となっている。