運転管理チーム関係者は「以前は人が多くて時間が迫っていたため測定から除外される人が多かったが、今は例外なしに判定を受けなければならない」として「管理者が飲酒や薬品、健康状態などを総合的に判断して乗務適合性を決める」と説明した。判定で血中アルコール濃度が0.03%以上に出てきたり測定を拒否した機関士は直ちに業務を停止して懲戒を受けることができる。ところがこの過程で一部機関士が「人権を侵害された」と主張して鉄道現場で労使間葛藤がもたらされている。一部機関士は飲酒の兆候を見せた人に対してだけ飲酒測定をするように鉄道安全法に規定されているが使用側が内部規定を作って全体機関士を対象に検査をすることによってストレスを与えていると主張している。測定過程でたびたび監督者と機関士の間にあつれきが広がっていて、一部は「酒を飲まなかったと話したのに疑いを持っている」として最後まで判定を拒否して列車に乗らず、休暇処理を受けた事例もあると分かった。最近社内掲示板に声明を出して「飲酒測定権限を悪用して機関士を困らせる」として特定監督者を対象に人事措置を要求することも起きた。使用側では乗務適合性判定を現行通り維持するという意向を明らかにした。会社関係者は「飲酒運転は致命的な大事故を発生させることができる。安全問題なので法規のとおりしなければならない」として「適合性検査で通過できなければ業務を停止させて懲戒を要求する」と話した。現在多数の機関士は飲酒測定に自発的に参加している。