memの-Mオプションバイオインフォマティクスbwaバージョン0.7が去年の2月にリリースされて、ほぼ1年が経とうとしています。0.7に切り替えた方も多いのではないでしょうか。0.7では、memというコマンドが使えるようになりました。memは従来のbwaswの後継で、ロングリード(〜1Mbp)に使えるコマンドですが、bwaswよりも速度・精度とも向上しているとのことです。ショートリード(70-100bp)に対する精度もよいそうです。ショートリードはこれまで「fastqごとにaln」→「samse/sampe」で実行するのが主流で、中間ファイルができたりして面倒くさかったので、mem一発でやれると便利ですね。このように素晴らしいmemですが、1点注意があります。memには-Mというオプションがありますが、bwaの結果をPicardやGATKで処理する場合は、この-Mオプションを必ずつけて実行してください。BAM何故かと言うと、memはローカルアライメントを行い、キメラリードを検出することができるようになりました。alignment)が立ちます。PicardのMarkDuplicateはこの仕様に対応していないため、このBAMを入力するとエラーになってしまうのです。alignment)が立つため、Picardで動かすことができます。試しに、同じデータを-Mありと-Mなしで実行した結果のBAMファイルを比較したところ、本当にflagだけが1792(0x800=2048、0x100=256、2048-256=1792)違っていました。キメラリードを検出できるのは良いので、早くPicardが0x800に対応してくれるといいなあと思っています。(1)memberid:amelieffid:Fuku-Iid:miwa-tid:hr-kid:fujinamisid:miya-yid:kubo-mid:ta-yid:yama_toid:yokokozuarchivesはてなブログをはじめよう!amelieffさんは、はてなブログを使っています。ブログを報告するスターをつけました引用をストックしましたストック一覧を見る閉じる引用するにはまずログインしてくださいログイン閉じる引用をストックできませんでした。再度お試しください閉じる限定公開記事のため引用できません。