Union」も参照アフリカの全ての独立国家が加盟。加盟国は発足時に53か国に上り、この時点ですでに世界最大の地域機関であった[31]が、2011年7月9日に南スーダンが独立して即時加盟したことにより加盟国は54ヶ国に達し、2017年1月31日にモロッコが再加入したことにより加盟国は55ヶ国となった。(西サハラ)は、日本政府が国家承認していない地域である。ソマリアから一方的に独立を主張するソマリランドは、アフリカ連合加盟国からも国家承認されておらず、非加盟である。アフリカ統一機構時代とは違い、クーデターなど正規の手続きによらない政権交代には厳しい態度を示し、加盟国の資格停止を行うことが多い。近年では、2008年の1月31日から2月2日までアディスアベバで開かれた首脳会議の後、会見で議長は、チャドの反政府勢力による新政府が樹立しても加盟は承認しないという考えを示した(結局は政府側が勝利し、クーデターは失敗)。2009年1月のマダガスカル・クーデターによって成立したアンドリー・ラジョエリナ政権を認めず、加盟資格を停止した[32]。2012年3月に発生したマリ軍事クーデターにおいてもマリ共和国の加盟資格を停止し[33]、同年4月のギニアビサウ・クーデターにおいても同様の措置を取った。空爆に対しては反対の立場を明確にし、カダフィ政権とリビア国民評議会との調停にたったが失敗に終わった。2012年8月22日に反政府軍が首都トリポリを制圧したのちもアフリカ連合は新政府を承認せず、結局承認は国際連合が9月16日に承認したのちの9月20日となった[34]。2019年4月にスーダンで発生した軍事クーデターでは、軍部とデモ隊の衝突が発生したことを機に、2019年9月6日に民政移管されるまで資格停止処分とされた[35][36]。