Blog2015-06-12heatmapの横に色をつけるオプション統計解析ソフトRheatmap関数のRowSideColors/ColSideColorsオプションの紹介です。gplotsパッケージのheatmap.2やheatmap3パッケージでも同様の機能があります。ヒートマップのデンドログラムの横に、カラフルなサイドバーを付ける機能です。テスト用のマトリクスを作ります。(結果は実行するたびにランダムに変わります)mat<-matrix(sample(100,70,replace=T),ncol=7)rownames(mat)<-c("geneA","geneB","geneC","geneD","geneE","geneF","geneG","geneH","geneI","geneJ")colnames(mat)<-c("sample1","sample2","sample3","sample4","sample5","sample6","sample7")このマトリクスでヒートマップを作成するとこうなります。heatmap(mat)ヒートマップ1以下は左にあるデンドログラムの横に、サンプルごとに色を付ける場合の例です。RowSideColorsオプションに、色名(16進数での指定も可)のベクトルを指定します。この色名のベクトルは、マトリクスの行数と同じ長さである必要があります。10また、色はマトリクスの各行に対して指定していますので、ヒートマップではクラスタリングされた順に並びかえられて描画されます。←この順に色が指定されますrcol<-c("red","blue","green","goldenrod","violetred","salmon","orange","springgreen","pink","black")[heatmap(mat,RowSideColors=rcol)ヒートマップ2クラスタリングされたグループごとに色をつけたい場合は、マトリクスをあらかじめクラスタリングしたうえでcutree関数を使います。mat.d<-dist(mat)mat.h<-hclust(mat.d)mat.c<-cutree(mat.h,k=3)cutree関数のkで指定した数値と同じ長さの色名のベクトルをRowSideColorsに指定します。clust.col<-c("red","blue","orange")heatmap(mat,RowSideColors=clust.col[mat.c])ヒートマップ3ColSideColorsの使い方も同様です。RowSideColorsの作図順については、以前記事を書きましたのでご参照ください。(1)memberid:amelieffid:Fuku-Iid:miwa-tid:hr-kid:fujinamisid:miya-yid:kubo-mid:ta-yid:yama_toid:yokokozuarchivesはてなブログをはじめよう!amelieffさんは、はてなブログを使っています。ブログを報告するスターをつけました引用をストックしましたストック一覧を見る閉じる引用するにはまずログインしてくださいログイン閉じる引用をストックできませんでした。再度お試しください閉じる限定公開記事のため引用できません。