(千提寺地区)の高山右近旧領に大正時代まで発見されなかった隠れキリシタンの家々があり、ある旧家は信仰の品々を入れた「あけずの櫃」を長男にのみ伝承して誰にも見せなかった。重要文化財「聖フランシスコ・ザビエル像」もこの地の旧家で発見されている。現在茨木市立キリシタン遺物史料館で「あけずの櫃」や絵画、彫刻等の資料が公開されている。長野県の木曽谷を通る旧中山道沿いの各所には隠れキリシタン信仰の名残が散在している。塩尻市奈良井の大宝寺には子育て地蔵として隠し奉っていたのだが、首を落とされてしまったというマリア像があり、木曽町日義には折畳みマリア像、大桑村の妙覚寺には千手観音に姿を借りたマリア観音像、天長院には子育地蔵と呼ばれているマリア地蔵がある。岩手県一関市の大籠地区は、隠れキリシタンの里である。1640年(寛永17年)には約3万人の信者がいた。現在は、大籠キリシタン殉教公園として整備され、資料館などの施設が建てられている。周辺にはいくつかの処刑場の跡が残されている。兵庫県加西市の大日寺で、1972年(昭和47年)に背面に十字を刻んだ石仏(背面十字架地蔵)が発見される[22]。隠れキリシタンが礼拝を行うために溶結凝灰岩を刳り貫いて造った全国でも例を見ない「キリシタン洞窟礼拝堂」(県指定史跡)と、それに隣接してブルドリノ、ナバロを含む5名の南蛮人宣教師を匿った「キリシタン神父の住居趾」がある。これらはいずれも藩の家老であった古田家の私邸敷地内であった(現在は私邸敷地内ではない)。キリシタンの遺物と言われる1612年に製造された「サンチャゴの鐘」が、歴代の岡藩主を祀る中川神社に奉納されている。島根県津和野町には、明治時代初期に長崎から連行されてきた隠れキリシタンの殉教地跡に建てられた「乙女峠マリア聖堂」があり、毎年5月3日には殉教者を偲ぶ乙女峠祭が行われている。鹿児島県の甑島には、「クロ宗」(クロ教)と呼ばれる隠れキリシタンが現存していると言われている[25]。キリシタン塚と呼ばれる場所があり、現在は墓地となっている。