藤原氏と縁のうすい後三条天皇が即位する。1045年(寛徳の荘園整理令)以後の新設の荘園を停止する。荘園整理徹底のため、記録荘園券喫所(記録所)を設置する。経済統制策の一環として、量衡の制を定める。白河天皇に譲位し、後三条上皇として院庁を開き、翌年1月には院蔵人所を設ける。後三条上皇(40)没。白河天皇が、石清水八幡宮に行幸、翌4月には賀茂社に行幸し、以後毎年の恒例とする。白河天皇が洛東の地白河に法勝寺を建立、華やかに落慶供養が行われる。白河天皇が譲位し、「白河上皇」として院政を始める。敦良親王(のちの後朱雀天皇)の第2王子として生まれる。して即位することになった。後三条天皇は、頼通が引退した後の摂関家の政権独占打破を図り、反摂関家の中級貴族などを登用し、積極的に親政を行った。天皇は桓武天皇を意識し、大内裏の再建と征夷の完遂を打ち出すとともに、積極的に荘園整理に手を付け、摂関家の力を削ぐ対策を推進した。国司の印と国正倉の鍵を奪い逃走する事件が発生する。頼俊からは、大戦果を挙げたとの弁明が届くも、頼俊は召喚され解任された。朝廷の支配下に入ったものの、実質的に清原軍の寄与が多く、清原貞衡が軍功を認められ鎮守府将軍に任じられ、清原氏の勢力が奥州全域におよぶことになり、のちの後三年の役につながる。(延久蝦夷合戦)藤原頼通ら摂関家が効果的な荘園対策を打ち出せなかったなかで、後三条天皇は延久元(1069)年、画期的な延久の荘園整理令を発布し、続いて「記録荘園券喫所(記録所)」を設置するなど、徹底した対策で摂関家の経済基盤に大打撃を与えた。(延久の善政)延久5(1073)年、即位後4年にて第一皇子貞仁親王に譲位して、院庁を開き院蔵人所を設けるなど、院政を敷こうと図ったが、病に倒れ40歳で崩御する。退位は必ずしも院政を意図したものではなく、病によるものとする説もあり、たった4年と短かった後三条天皇の治世は、摂関政治から院政へ移行する過渡期としての役割とされる。貞仁親王(白河天皇)は、尊仁親王(後三条天皇)の第一皇子として生まれる。父尊仁親王は関白藤原頼通に冷遇されていたが、治暦4(1068)年父後三条天皇が即位すると、翌延久元(1069)年立太子、延久(1072)4年後三条から譲位され、20歳で白河天皇として即位する。延久5(1073)年の後三条上皇の病没後も、父同様に親政を目指し、荘園整理などに力を入れる。白河天皇は、関白藤原師実の養女賢子を中宮としていたので、摂関家外戚に戻るのを懸念した後三条上皇の遺志で、異母弟実仁親王を皇太弟としていたが、親王が薨去した機会をとらえて、応徳3(1086)年11月28日、実子で8歳の善仁親王(第73代堀河天皇)を皇太子に立てて、即日譲位し上皇となった。白河上皇として、幼帝を後見するために自ら政務を執り、いわゆる院政が出現したが、白河上皇は当初から強い権力を有していたわけではなかった。天皇在位中からの摂関であった藤原師実とは協調を図っており、親政期及び院政初期には摂関政治と大きな違いはなかった。嘉保3(1096)年には、皇女媞子内親王の病没を機に出家、法名を融観として法皇となり、深く仏道に帰依し、法勝寺などの多くの寺院や仏像をつくらせた。堀河天皇が成人して関白も藤原師通に代わると、自ら政務を執ろうとする堀河天皇に師通も協力的であり、親政に近い状態が現出したが、承徳3(1099)年に師通が死去すると、摂関家に天皇を補佐する人物に欠け、結果的には、出家した白河法皇の本格的な院政が成立する。嘉承2(1107)年堀河天皇の崩御と、白河法皇の孫である幼帝鳥羽天皇の即位が契機となり、外戚による摂関家支配から、天皇父系の院政への権力移行が明白となった。白河法皇は、さらに曽孫の崇徳天皇の代まで、幼帝3代、43年間にわたり院政を敷き、大治4(1129)年77歳で崩御する。政治的権限を掌握した白河法皇は、受領階級や武家出身の院近臣などを重用し専制的な政治を行った。人事権を完全に握り、朝政を取り仕切るとともに、院の警護に北面武士を創設するなど、新興勢力の武士の力も活用した。「平家物語」には、白河法皇が天下三不如意(意のままにならぬもの)として、「賀茂河の水、双六の賽、山法師、是ぞわが心にかなわぬもの」と嘆いたという逸話があるが、これは逆に、往時の白河法皇の権勢の絶大さを示すものとして語られる。関白藤原頼通70歳の祝いが、法成寺で行われる。前陸奥守源頼義の要請を受け、出羽の清原武則が一万余の兵を率いて陸奥へ向かう。源頼義が、安倍貞任を討つ。安倍氏討伐の功により、源頼義が伊予守、息子義家が出羽守、清原武則が鎮守府将軍となり、安倍氏は奥六郡に勢力を広げる。藤原頼通が関白を辞任、政事の参与となる。