海馬の「死のデッキ破壊ウィルス」により、遊戯は強力カードを失った。遊戯の祖父・双六が持つ町レアカード「青眼の白龍」を狙い海馬がデュエルを仕掛けてきた。倒れた祖父に代り遊戯が立ち向かう。海馬の弟・モクバが現れた。彼は参加デュエリストから盗んだデッキで遊戯に挑戦する。遊戯たちは海馬コーポレーションを乗っ取ろうと企むペガサスの陰謀を知る。ペガサスの陰謀を知った海馬は、コンピュータネットで遊戯のデュエルに介入しようとしたが、ペガサスに阻まれる。レアカード・時の魔術師の力で城之内が竜崎を下す。その夜、舞とひとときの休息を取る一行。そこに現れたのは、なんとクラスメイトの獏良だった。遊戯と城之内の息の合ったコンボでゲートガーディアンを撃破!しかし迷宮の出口は、迷宮兄弟の謎掛けに秘められている。モクバが海馬と出会う。遊戯たちに合流し、最終ボスを倒す。ゲームに介入しようとしたビッグ5をバーチャル世界の中に閉じ込めてしまう。機械デッキのパワフルな攻撃に防戦一方の城之内。キースの戦法を真似ることで活路を見出す。レッドアイズをメタル化し、タイムマシンにより時を超えて召喚し、キースを粉砕する。遊戯に新しいモンスターを召喚するためのスペースは残されていない。遊戯は祖父を救い出すため、ペガサス主催のデュエル大会に臨む。城之内も出場しようとする。彼には出場しなければならない事情があったのだ。全国大会の優勝者・インセクター羽蛾と遊戯のデュエル。独特な王国でのルールにてこずる遊戯は、羽蛾の昆虫カードに追い込まれていく。ペガサスから刺客・物真似師が差し向けられた。海馬の姿と声に遊戯は動揺する。海馬の青眼の白龍が遊戯に襲い掛かる。「後3ターンできさまは終わりだ!」圧倒的な劣勢の中で、遊戯はプレイヤーキラーを挑発する。究極龍を葬る逆転の策を編み出した遊戯。勝利をとるか、海馬の命を救うか!究極の選択に遊戯の心は揺れる。モクバの魂を賭けて、海馬がペガサスと戦う。ペガサスのマインドスキャンの前に翻弄される海馬。青眼の白龍も奪われてしまう。ペガサスの「トゥーンワールド」になすすべが無い海馬。死闘の末、力尽き、魂の牢獄に封印されてしまう。遊戯は打倒ペガサスを誓う。ゴンに恨みのあるパク社長とチェ氏は、ゴンに薬入りの水を飲ませてスキャンダルを起こそうとする。罠にはまったゴンと、間違ってその水を飲んでしまったミヨンはお互いが恋人だと勘違いをし、甘い夜を過ごしてしまう。ゴンはミヨンもパク社長の仲間なのではないかと疑うが...。