Oceanography”が創刊された.同誌は国際的に高い評価を得ており,2001年から水産海洋学会の国際誌と位置づけられた.1999年の3号から「水産海洋研究」は変形A4版となり,表紙および各ページレイアウトを一新した.急逝された松宮義晴博士の遺志により松宮基金が2000年夏設立され,若手研究者等の海外での研究発表への渡航費助成を行っており,現在(2008.9.26)まで,20名が助成を受けた.2002年12月に東京で発足40周年記念大会および記念シンポジウム「資源変動のしくみと管理」を開催した.。