cloneに別の秘密鍵を使う通常ログインユーザのid_rsa.pubをGitHubに登録してアクセスします。GitHubに登録する鍵は共通の物を使いすっきりさせておきたいです。上の方法だと各ユーザや、各マシンごとに登録が必要になり面倒です。ログインユーザの鍵を共通にしてもいいのですが、セキュリティ上好ましくありません。そこで、GitHubで使う鍵だけを共通にして利便性を高めようというお話です。yesIdentityFileの行を見てもらえば分かりますが、通常の~/.ssh/id_rsaとはパスが違いますね。他のマシン、アカウントと使う共通の秘密鍵を用意しGitHubへ公開鍵を登録。秘密鍵を安全な方法で必要なホストの任意にディレクトリに設置。パーミッションは400にしておきましょう。あとはログイン時に$SSH_CONFIGが適正に読み込まれるように.bash_profileなどにexportするよう記述しておきましょう。