残念ながら、超共役は、広く認められた一般法則では無く、むしろ、例外を説明する時に、持ち出される説と、僕は、理解しています。研究者からの異論のない(或は、少ない)例を挙げれば、トルエンの反応性に付いてです。それは、本来性質の異なるπ電子(ベンゼン環)とσ電子(メチル基)とが、混じり合っている(共役)とも解釈出来るからの様です。この様に、例外的で珍しいからこそ、超を付けて呼んでいるのでしょう。何はともあれ、超共役だけで、アミノ酸の解離定数を説明することには、無理があります、繰り返しになりますが。付言すれば、酸の解離定数は、化学熱力学(例のエントロピーです)に基づいた理論に依って説明されるのが、一般的だと、思います。