相手に?み付いて自衛する習性をもつが、どのムカデ類も刺激や危険に遭うと反撃よりは逃走をしようとする[13]。一部の種は胴部の後端が頭部に似通う体色と触角らしい曳航肢をもち、これは頭部に擬態するものと考えられる[18]。ヨロイオオムカデはヤスデに擬態し、頑丈な背板をもって動きが遅く、刺激を受けるとヤスデのようにまとまる[32]。イシムカデ類は後端数対の脚を上下に揺らして粘液を分泌し、クモやアリなどの小型捕食者からの攻撃を防ぐ[19]。ゲジ類では触角らしい曳航肢にあるほか、脚を付け根から自切するという防衛手段をもつ。オオムカデ類は後端数対の脚を挙げて威嚇することがある[18]。