初期研修と同じレジデント制による研修です。本院は開院当初よりレジデント制度を採用しており、研修期間はシニア課程2年、チーフ課程2年の合計4年です。研究を行う大学院と専門研修を行うレジデントを明確に区別し、それぞれに専念できる体制を整備していますので、臨床をやりたいのに基礎研究に従事させられたり、研究をやりたいのに無給で診療の手伝いをさせられたりすることは基本的にありません。専門分野別に32の養成コースが設置されています。各養成コースでは、それぞれ関連する学会の認定医・専門医などの資格を取得するのに必要な症例経験と臨床能力が修得ができるように配慮されています。養成コースの詳細はこちらを参照してください。平成30年度に開始になる新専門医制度に対応し、各基本領域・Subsecialty専門領域に対応したプログラムが立ち上がります。総合臨床教育センターが研修をコーディネートします。総合臨床教育センターが、各専門診療科と連携しながら引き続き研修をコーディネートします。調整、レジデント室の管理、業務の改善、コンディションを崩したレジデントのサポートなどの研修コーディネートについては、初期研修と同様に総合臨床教育センターが担当します。研修の途中で他科をローテーション研修したい場合や養成コースを変更したい場合にも総合臨床教育センターが窓口となって調整を行う体制が確立されています。研修の修了については、すべての養成コースにおいてチーフ課程修了時に外部評価を行ったうえで修了認定を行い、病院長より修了証書が手渡されます。