3年B組金八先生」第6シリーズ。3年B組にやって来た二人の転入生、直と政則が新たな波紋を投げかける。直は性同一性障害だったのだ。桜中学の校長に金八と正反対の教育哲学を持つ人物が赴任。坂本金八(武田鉄矢)が担任を務める桜中学3年B組は、2学期になって二人の転入生・成迫政則(東新良和)と鶴本直(上戸彩)を迎えた。ボクの心の闇は深い転校早々、直(上戸彩)が校長室に呼び出された。千田校長(木場勝己)は和を乱すとしてスカートの長さを注意するが、金八(武田鉄矢)は反論する。ガン告知の時...3Bの信太宏文(辻本祐樹)の両親は夫婦げんかが絶えなかった。その両親がついに離婚宣言。自分を全く無視した親の行動に、信太がついに本心を打ち明ける。自分の病気が悪性リンパ腫だと知った幸作(佐野泰臣)は、自暴自棄な振る舞いを見せる。金八(武田鉄矢)はネガティブな思考ばかりする幸作を励ます。桜中学では文化祭が迫るが、3Bの出し物はまだ決まっていない。木村美紀(森田このみ)らが阿波踊りを、菅俊大(途中慎吾)らが太鼓をやるとそれぞれ譲らない。父さんアンタが憎い3Bがケナフの刈り入れをしていた時、山越崇行(中尾明慶)がナイフで指を切った。そのことで金八(武田鉄矢)は千田校長(木場勝己)から叱責を受ける。同性愛と異性愛3Bの教室では、江藤直美(鈴田林沙)が同性の直(上戸彩)のことを好きなのではといううわさが広まっていた。授業中もその話題が手紙で行き交う。最近多発しているひったくり対策のため、防犯会議が開かれた。卒業生の杉山修一(佐々木卓馬)や桜田友子(小高早紀)の発案で夜回りを始めることに。受験シーズンも近づき、桜中学では三者面談が行われた。3Bの面談も進むが、生徒たちは誰も金八(武田鉄矢)の意見を聞かずに自分の夢や考えを語る。皆、悩んで生きている問題含みの儀(斉藤祥太)とその家庭は、金八(武田鉄矢)の助言の効果があってか次第に変化を見せる。両親が儀の食事を気にするようになったのだ。ワタシは男?それとも女?儀(斉藤祥太)は登校途中に、お腹を押さえて苦しそうにしている乾先生(森田順平)の妻・英子(原日出子)を発見。儀は英子を無事に家まで送り届けた。友情の証し行方不明だった儀(斉藤祥太)の兄・武(白川峻)が突然帰ってきた。儀は何も言わずにいなくなった兄を責め、また大げんかが始まる。小林先生(黒川恭佑)にラブレターを送り続ける笠井美由紀(高松いく)。彼女に対し、金八(武田鉄矢)と本田先生(高畑淳子)は自重するように説得する。美紀(森田このみ)は自殺未遂した父親が一命を取り留めたにも関わらず、「推薦入試には行かない」と言って金八(武田鉄矢)を困らせる。お腹の子供が動く都立推薦入試の結果が発表された。中でも風見陽子(中分舞)は楽勝のはずの青嵐高校に落ちて、金八(武田鉄矢)の推薦書が手抜きだったなどと八つ当たりする始末。(中尾明慶)と他校の生徒の間で小競り合いが起き、そこに菅(途中慎吾)も加わって大騒動になる。傷心の奈津美(谷口響子)は、当てつけに長谷川奈美(中村友美)と出会い系サイトに伝言を残した。二人は高校生だと嘘をついて相手に会いに行く。直と政則(1)“成迫”という教師が犯した殺人事件の記事を目にした北村充宏(川嶋義一)たち。興味本意で同姓の政則(東新良和)に父親のことを根掘り葉掘り聞き始める。直と政則(2)政則(東新良和)の父親のことで激しいけんかを始めた直(上戸彩)と充宏(川嶋義一)。金八(武田鉄矢)たちが仲裁に入っても二人の勢いは収まらず...。直と政則(3)順調な回復を続けている幸作(佐野泰臣)が次回の検査結果次第で退院できることになった。金八(武田鉄矢)と乙女(星野真里)は涙ながらに喜ぶ。教室で「自分は男である」と告白し、その場を立ち去った直(上戸彩)。心配した金八(武田鉄矢)は、直と共にカウンセラーの立石(利重剛)を訪れる。特別授業から数日後、直(上戸彩)は都立ひかり高校定時制に合格した。3Bの皆も“男”である直を受け入れつつあり、壁はなくなったかと思われたが...。名誉毀損で雑誌社と争うことを報告するため、政則(東新良和)は金八(武田鉄矢)と共に服役中の父・政之(佐戸井けん太)の元を訪れた。