すれば、各実験群と処理群を組み合わせにおいて、その発現量は行列を用いて以下のように表すことができる。\]この式が一般化線形モデルのモデルとされる。行列はデザイン行列と呼び、観測値とパラメーターを関連させる重要な働きを持つ。個だけの時を考えればよい。関数を利用すれば簡単に作成できる。作成したデザイン行列は上のデザイン行列の並びが異なるが、解析の効果として同じ。列目に対応していることを注意しておく。"contr.treatment"次に尤度比検定を行い発現変動遺伝子を検出する。通りに絞られると思われる。この両方の場合について見ていく。影響を考慮しないで、実験群同士の比較において差を持つ遺伝子を発現変動遺伝子として検出する方法を示す。