ファイルは核酸またはアミノ酸配列を保存するためのフォーマットの一つである。始まる行に書かれ、次の行から配列が書かれている。一つのファイルに複数の配列を書くことも可能である。ファイルを読み込んで、そのペプチドの分子量などを計算するには、次のようにする。始まるヘッダー行ならば、配列の名前を記録する。ヘッダー行でなければ、アミノ酸配列を取得し、その分子量を一つずつ足合わせる。一つの配列を処理し終えた後に、配列の名前と分子量を出力する。分子量には、ペプチド結合による脱水される水の分子量が含まれるので、これを除いて出力する。