生活をするジュンは密貿易に手を出して捕まり、父の配慮で遥か南の地・山陰(サヌム)へと逃げることに。同じ頃、ジュンは、父が謀反の疑いをかけられて追われた両班の娘ダヒと運命的な出会いをしていた。ダヒと生きる決心をして共に旅立つが、途中彼女の身分回復を知らされ、身分違いの結婚はできないと彼女を置いて母と二人、山陰にやってくる。そこで名医と名高いユ・ウィテを知り、彼に弟子入りを志願。厳しい師の下で懸命に学ぶジュンは、ウィテの養女で医術を学んだイェジンになにかと助けられる。イェジンに想いを寄せるウィテの息子ドジは、ウィテに目をかけられ腕をあげていくジュンを疎ましく思う。ウィテはドジに「心医」になってほしいと願うが、ドジは内医院に入って御医になるという出世欲を抱いていた。まもなく山陰まで追ってきたダヒと再会し結婚したジュンは、妻や母に支えられながら「心医」を目指して邁進していく。その道は険しく、様々な苦難に満ちていた。