(郁子)の次男として生まれる。成績はほとんど乙であったが、作文の才能はすばらしく、初めて作った詩や作文「どじょう」が大連新聞に掲載された(1932年)。兄・正介とともに、カトリック夙川(しゅくがわ)教会(西宮市)で受洗。洗礼名ポール(パウロ)。吉満義彦が舎監を務めるカトリック学生寮(信濃町)に入る。昭和16年に合格した上智大学予科(翌年退学)ではドイツ語専攻だったが、佐藤朔の著書と出会い、フランス文学を志し、仏文科に進学。前年肋膜炎を患ったため徴兵には召集されなかった。書いたエッセイ「神々と神と」が認められ、「四季」(角川書店発行)に掲載される。終戦後、最初の留学生としてフランス・リヨン大学大学院に入学。エッセイ集『フランスの大学生』を早川書房より出版。7月、「白い人」により芥川賞を受賞。9月、慶応義塾大学の後輩にあたる順子さんと結婚。受賞するなど高い評価を受け、文壇的地位を確立する。最初のキリシタン小説「最後の殉教者」を発表。前年に再発した結核のため、三度の肺の手術を受ける。闘病生活から再起し、長編「わたしが・棄てた・女」を「主婦の友」に連載。「午後のおしゃべり」を「芸術生活」に連載し、このエッセイを「狐狸庵閑話(こりあんかんわ)」と命名する。書下ろし長編『沈黙』を刊行。ローマ法王庁よりシルベストリ勲章(騎士勲章)を受ける。『死海のほとり』、『イエスの生涯』を新潮社より刊行。(全11巻)が新潮社より刊行される。芥川賞の選考委員となる。『キリストの誕生』を新潮社より刊行。『侍』を新潮社より刊行。同作品で野間文芸賞受賞。日本ペンクラブ第十代会長に就任(~平成元年まで)。この年、サンタクララ大学(アメリカ・カリフォルニア州)から名誉博士号を受ける。(現長崎市西出津町)に「沈黙の碑」完成。ジョン・キャロル大学(アメリカ・オハイオ州)並びに輔仁大学(台湾)から名誉博士号を受ける。入退院を繰り返す闘病生活が続く。遠藤文学の集大成といえる『深い河』を講談社から刊行。最後の歴史小説「女」を朝日新聞に連載。この年、『深い河』で毎日芸術賞受賞。