リードをリファレンス配列にマッピングするプログラムである。マッピング速度は非常に高速であると知られていた。現在でも、マッピングプログラムの中で高速な方に分類される。そのリードの先端の塩基から、リファレンス配列と照合していき、もっとも長くマッピングできる場所を探す。でない部分)を取り出して、同様な作業により再度マッピングしていく。これを正確にマッピングできる。ミスマッチを容認してマッピングすることができる。その直前でマッピングを止めて、リードの残りの部分をトリムする。size)以下かどうかをチェックしたり、ミスマッチやギャップ数が指定された数以下かどうかをチェックしたりして、最終的にそのリードのマッピング位置を決定する。鎖にマッピングされたりするキメラリードもつけることができる。