許容できる最大ミスマッチ数。マッピング結果に指定された数よりも多くのミスマッチを含む場合、そのリードをマッピングできなかったとみなす。マッピングできた部分の長さに含まれるミスマッチの許容率。マッピングできた部分の長さに含まれるミスマッチの割合が指定された数値を超える場合、そのリードをマッピングできなかったとみなす。マッピング結果に含まれるミスマッチのリード長に対する許容率。マッピング結果に含まれているミスマッチの、リード全長に対する割合が、指定された割合を超える場合、そのリードをマッピングできなかったとみなす。キメラリードの出力ファイルを指定する。SeparateSAMold。キメラリードの場合、リードの前半と後半で異なる染色体などにマッピングされる。リードの前半あるいは後半の長さのうち短い方が、指定された長さ以上のとき、そのリードをキメラリードとみなして出力する。リードの場合は、ペアを合計して考える。異なる染色体にマッピングされた場合、これをキメラリードとみなす。bp)のマッピングクオリティが十分に高い場合、これは通常のマッピング結果としてもみなされる。つのリードが通常のマッピング結果とキメラリードのマッピング結果の両方に含まれる場合がある。異なる染色体にマッピングされた場合は、これをキメラリードと見なさない。キメラリードを検出しない。ファイル中に記述される。リードの数が記載されている。リードとして数えられている。したリードも含まれている。リードだけを出力できるようにする。したリードを取得できる。