ゲノム配列(dna.toplevel)をダウンロードする。Arabidopsis_thaliana.TAIR10.dna.toplevel.fa.gzマッピングには必要としないが、マッピングされたリードを遺伝子領域ごとに集計するときにアノテーションファイルも必要である。GTF)も合わせてダウンロードしておく。取り除いたデータ)などの配列データも提供されている。ダウンロードしてくる。配布されているが、これを利用しないので、ダウンロードする必要がない。ゲノム配列に対応したアノテーションデータ(GFF/GTF)も配布されている。データ(*.fastq.gz)とゲノム配列データ(Arabidopsis_thaliana.TAIR10.dna.toplevel.fa)を揃えたら、次にゲノムの配列データのインデックスを作成する。時間近くかかる場合がある。ゲノムが大きいとき、より大きなメモリを確保できないとメモリ不足でエラーになる。files次に、作成したインデックスを利用してリードをゲノム配列にマッピングしていく。実行するときにメモリを確保しておく。${result_dir}doneマッピング結果は、あらかじめ設定したプレフィックス(result_dir)のついたファイルに保存される。始まるファイルが生成される。マッピング率などのメタ情報が書かれている。プログラムに与えれば、遺伝子のリードカウントデータを得ることができる。