767一般的に、これらのデータを正規化した上で、分散の大きい遺伝子のみに対して、階層クラスタリングを行う。ここで、簡略化のため、正規化しないですべての遺伝子に対して階層クラスタリングを行う。サンプル間の階層クラスタリングまず、サンプル同士でどれぐらい似ているかを調べる。これにはスピアマンの順位相関係数を利用する。近ければ、サンプル同士が似ているということを示す。相関係数」を距離として定義してクラスタリングを行う。クラスタリングアルゴリズムは、最大距離法や群平均法など様々あるが、比較的にウォード法が安定していて、よく利用される。"ward")クラスタリングの結果を図示すると次のようになる。群は同じクラスターに入っている。群は、それぞれ異なるクラスターを形成した。群のクラスターの中には、時間に応じてさらにサブクラスターが形成された。plot(h)遺伝子間の階層クラスタリング同じ発現パターンの遺伝子を見つけることが目的であれば、遺伝子間のクラスタリングを行うこともできる。クラスタリング手順は上述と同じだが、入力する遺伝子の発現量行列の行と列を入れ替える必要がある。