つないし複数のドメインと呼ばれる機能領域を持つ。このようなドメインはタンパク質の機能を考える上で重要な手掛かりとなる。データベースは、このようなドメイン情報が登録されている。登録されているデータをもとに決定されたものである。ドメインに関するアノテーションが詳細で、信頼性が高い。登録されているデータをもとに自動的に決定したものであり、アノテーションが不足し、信頼性も低い。データベースのサイトでは、アミノ酸配列を入力すると、そのアミノ酸配列上にどのようなドメインが存在しているのかを出力する検索機能が実装されている。登録されているデータに対して検索を行い、入力アミノ酸配列にどのようなドメイン情報が存在しているのかを出力する。呼ばれる確率モデルを実装している。比べ、遠縁ホモログをより正確に検索することができる。データベースに対して検索を行うことで、配列上に存在するドメインを見つけることができ、機能解析の手助けとなる。