ゲノム配列(dna.toplevel)をダウンロードする。Arabidopsis_thaliana.TAIR10.dna.toplevel.fa.gzマッピングには必要としないが、マッピングされたリードを遺伝子領域ごとに集計するときにアノテーションファイルも必要である。GTF)も合わせてダウンロードしておく。取り除いたデータ)などの配列データも提供されている。ダウンロードしてくる。配布されているが、これを利用しないので、ダウンロードする必要がない。ゲノム配列に対応したアノテーションデータ(GFF/GTF)も配布されている。データ(*.fastq.gz)とゲノムの配列データ(Arabidopsis_thaliana.TAIR10.dna.toplevel.fa)を揃えたら、次にゲノムの配列データのインデックスを作成する。インデックスを利用する。使用してインデックスを作成する。時間近くかかる場合がある。つのファイルが生成される。