当時住民に損害を與えていた九頭龍を調伏、その後龍神としてまつり、湖水祭が執りおこなわれるようになったのが始まりです。共に山伏の強い信仰跪拝をうけたところでしたが、明治維新いらい修験道の廃止に伴い秘かにおまつりされてきました。御社殿の結構が整い祭祀が盛んに執行されるようになったのは近年のことです。神として庶民の熱心な信仰がよせられています。古くから箱根権現御手洗の池と呼ばれてきた芦の湖の主・九頭龍明神の御神徳を奉賛し、水恩に報謝する祭りは箱根神社の湖水祭(七月三十一日齋行)がありますが、この祭りの最も大切な湖上神秘の神事、即ち御供を捧げるところが当神社前の沖合であることからみても、当神社の例祭と軌を一にするのは当然です。萬巻上人が九頭龍を調伏された故事に倣い、昔の手振りそのままに行われるこの祭りは神社創建の由来を物語る大切な祭りですが、龍神を調伏鎮斎された萬巻上人もまた偉大なる霊能者宗教家です。神宮寺を建立されたのち、当薄根山にきて三年間、山に籠って一心不乱に修練苦行の末、箱根神社をおまつりされた。