以上で同じクラスタにまとめる、ということになる。クラスタ番号などの情報が保存される。クラスタリングする際の配列一致度の閾値。利用してクラスタリングを行う。これはペアワイズアラインメントの中で一致するアミノ酸の数を、ペアワイズアラインメントの短い方の配列の配列長で割った値を配列一致度とする。利用してクラスタリングを行う。これはペアワイズアラインメントの中で一致するアミノ酸の数を、アラインメントの長さで割った値を配列一致度とする。ファイルに配列名を保存する際に、配列名の長さを指定する。あまりにも小さい値を指定すると配列名が途中で途切れてしまう。指定している閾値に関連する。