病院内には、今まで解析されずに埋もれてしまっていた大量のデータ(ビッグデータ)が存在します。それらをデータベースとして蓄積し、機械学習で解析することで新しい発見を探そうという試みは、医療界においても旬なトレンドです。Technology)には、そのようなトレンドの最先端をいくチームがあります。私の留学先はハーバード公衆衛生大学院(HSPH)ですが、MITにも出入りする機会があり、運良くそのチームが開講しているクラスを受講することができました。今回は、そのクラスで使用したMIMCという医療データベースの紹介をします。ちなみに、私のメンターはその講義をorganizeしていた人で、アメリカの集中治療医であると同時にデータサイエンスの学位も取得しており、医療界における機械学習の第一人者です。当時の出会いがきっかけで、今でも彼やそのメンバーと共同研究をさせてもらっています。CenterのICUのデータを蓄積し、データベース化したものです。ありとあらゆるデータを蓄積しました。患者背景のテーブル、検査データのテーブル、輸液に関するテーブル、、、)格納し「紐付け」を行うことで、欲しいデータのみを後々引き出せるような画期的なデータベースを作り出しました。MIMIC-IIIは、三代目といえども2001年から2012年という、結構古いデータベースです。逆に言えば、アメリカには、こんな昔から、このような大量のデータを自動的に蓄積しデータベース化するという発想と実力があったことを意味しています。このMITのチーム、MIMICの他にもeICUというデータベースも作っており、全米200以上の病院のICUデータを一つに集約してしまいました。近年、日本の各病院が競って自分たちだけのデータベースを作成しようとしていることとは、正反対ですね。無料で利用できる世界屈指のテクノロジー集団が手がけたデータベースですが、驚くべきは、誰でも無料で利用できることです。詳細は後日解説したいと思っていますが、簡単なオンラインのトレーニングを受講しアクセス権をリクエストするのみです。全MIMICデータを自分のパソコンにダウンロードすることだって可能です。Pubmedで”MIMIC-III”と打ち込むと、2019年12月の時点で131本の論文が世に出ていることがわかります。Israelの医師が全く知らない、全く関与していないものが沢山あります。中には、(彼ら曰く)「研究としてかなりビミョー」な論文もあるらしいですが、そこはフリーアクセスですので、どうしようもありません。新しいデータベースであるMIMIC-IVがリリースされるはずです。画像データなども蓄積されているようですし、どんどん進化していますね。MIMICを使ったプロジェクト私が受講したMITのクラスでは、毎回有名人を呼んで講義もありましたが、termを通してチームで一つのプロジェクトをやり遂げることが主なタスクでした。生徒たちは1チーム3〜5人程度に分けられます。同じ職種の人たちが一つのチームに偏らないように分けられますので、それぞれのチーム内に様々なバックグラウンドを持った人が混在する形になります。私のチームはデータサイエンティスト(Philips勤務)疫学者の卵(ハーバード公衆衛生大学院の学生)統計学者(統計学の博士課程卒業)医師(ドイツの麻酔科医。当時はMGHで研究留学中)医師(私)の5人のチームでした。questionを考え、疫学者や統計学者と共に抽出に必要なデータを考えます。それらのデータを、データサイエンティストがSQLを用いてMIMICから抽出します。そのデータをもとに、疫学者や統計学者が解析する、という流れになります。learning)で作成することが多いのですが、私のチームは疫学寄りのチームメンバーだったので、因果推論になってしまいました。3ヶ月半かけて、データ抽出から解析、発表まで行います。(私たちのチームはできませんでしたが)論文化するチームもあります。と合同で、2017年に日本でも第一回Datathonが開催されました。基本的には二日間という超強行日程ですが、形式は私が受講したクラスと同じことをします。二日で、MIMIC-III(またはeICU)からデータを抽出し、ICU領域での予測モデルを作成します。私も、2019年の第二回Datathonで、講演&facilitatorとして参加、お手伝いをさせていただきました。2020年には第三回も開催されますが、私は勤務予定が合わなかったため参加できません。興味のある人は、是非とも参加してみてください。まとめ今回は、MIMIICという、医療界のビッグデータの先駆けとなったデータベースをご紹介しました。日本ではまだまだこのレベルの医療データはありません。MIMICは無料で公開されています。ビッグデータや機械学習という領域に興味のある人は、是非とも使ってみたら如何でしょうか。米国オハイオ州に臨床研究で留学するも、知識の欠如を痛感。ハーバード公衆衛生大学院に進学し、MPHを取得。現在は日本で麻酔・集中治療医として働く一方、マサチューセッツ工科大学メンバーとの共同研究などに関わっています。乗り越える壁を見つけ続けることは、なかなか簡単ではありませんよね。アラフォー目前、様々な壁にぶち当たり、それなりに多くの経験をしてきました。他の誰かの刺激になり、役に立つことを切に願っています。前回は、医療界のビッグデータベースであるMIMICを紹介しました。今回は、MIMICの具体的な使い方を解説していきたいと思います。コメントをキャンセルメールアドレスが公開されることはありません。付いている欄は必須項目です次回のコメントで使用するためブラウザーに自分の名前、メールアドレス、サイトを保存する。その後、大学医局に入局。米国オハイオ州に研究留学するも、知識の欠如を痛感。ハーバード公衆衛生大学院に進学し、MPHを取得。現在は日本で麻酔・集中治療医として働く一方、マサチューセッツ工科大学メンバーとの共同研究などに関わっています。来年度はオーストラリアの小児病院で集中医療医として研修予定です。人生、乗り越える壁を見つけ続けることは、なかなか簡単ではありませんよね。これまで様々な壁にぶち当たり、それなりに多くの経験をしてきました。他の誰かの刺激になり、役に立つことを切に願っています。