冷戦の緊張緩和が進み、ベトナム戦争も終結を迎えようとしていた1975年。カリブ海沖に拠点を隠す、どの国家にも帰属しない軍隊があった。その軍の指揮官、通称“スネーク”は、世界各国から公にできない任務を請け負いつつ兵力を増強し、ついには核を所有するに至る。どこからその情報が漏れたのか、IAEA(国際原子力機関)は彼らに対し、核査察を申し入れた。NPT(核拡散防止条約)に加盟していないどころか国家ですらない彼らは、IAEAの意図を訝しむ。時を同じくして、スネークにある知らせがもたらされた。スネークと戦い、生死不明となっていた女性工作員『パス』が生きており、キューバ南端に設けられた米軍基地内で尋問を受けているという。基地のある租借地内ではキューバと米国、どちらの法も通用しない。彼女の受けている尋問は過酷を極めていると思われた。スネークの部隊に身を寄せていた、パスに想いを寄せる少年チコは、パスの窮地を知り、無謀にも単独で彼女の救出に向かってしまう。まもなく、捕らわれたチコからスネークに助けを求める無線が入った。核査察を迎え入れようとしているマザーベースを背に、スネークはパスとチコを救出するためキューバへと向かう。それは、後のスネークの運命を決定づける惨禍の発端だった――。ピースウォーカー』から数カ月後の1975年、キューバ南端の米国租借地が舞台。物語の主軸となるメインミッションの他に数種類のサブミッションも収録。ランキングで競い合えるトライアル要素なども。セカンドデバイスにも対応。ある広大なオープンワールドで、自由に作戦を立てて目的地へと潜入する“リアル潜入シミュレーター”。