『統合TV』や『togotv』、『とうごうてれび』などのキーワードで検索すれば、ほぼトップに出てくるはず、です。生命科学分野の有用なDBやウェブツールの使い方などを動画で発信するウェブサイトです。QuickTime?ムービーで閲覧可能。iTunesで自動受信して、iPodやiPhoneで見られます。みんな大好きYoutubeやニコニコ動画にも同じ番組があります。番組について愛のあるツッコミを入れたり、ご意見ご感想(番組へのリクエスト含む)メールを送ったりするとたいへん喜ばれます。これまでに行われた統合データベース講習会(AJACS)における講演の様子も絶賛配信中。http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/を開きます。profiles」に自分の検索したい遺伝子名を入力します。今回は例として「nanog」という遺伝子を検索してみましょう。入力終了後、「GO」をクリックします。GEOに登録されている様々な実験条件で行なわれたマイクロアレイ実験における「nanog」遺伝子の発現データが表示されます。検索結果の右端にある画像をクリックすると、発現データの詳細をみることができます。values」をクリックすると、発現値を一覧できます。このサンプルでは、nanogはどういう細胞のどういう実験条件で発現が増減しているか調べてみましょう。ページ下部の「samples」に列挙されたリンクをクリックすると、そのサンプル(一枚のマイクロアレイ)の詳細を閲覧できます。リンク先のページの中ほどにある「series」のリンクをクリックすると、この実験全体の詳細情報が見られます。File(s)」をクリックすると、この実験の正規化補正済みのマイクロアレイデータをダウンロードすることができます。http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/を開きます。profiles」に自分の検索したい遺伝子名を入力します。今回は例として「nanog」という遺伝子を検索してみましょう。入力終了後、「GO」をクリックします。GEOに登録されている様々な実験条件で行なわれたマイクロアレイ実験における「nanog」遺伝子の発現データが表示されます。GDS2294)をクリックすると、解析用の「データセットブラウザ」が開きます。profiles」をクリックすると、この実験データセットにおける個々の遺伝子発現状況を検索できるページに飛びます。検索窓に表示されているアクセッション番号の後に続けて遺伝子名を追加(今回は例としてOct4)すると、この実験データセット内におけるその遺伝子の発現データが検索できます。Tools」では詳細なデータ解析が可能です。symbol:」のところに自分の興味ある遺伝子名を入れてみましょう。condition(s):」の「GO」をクリックするとどのような遺伝子がヒットするでしょうか。samples」では2群間で発現に差のある遺伝子を(統計学的に)検索できます。step1で発現量の違いを検出する方法を設定します。step.2で比較する2群の設定をします。B」をクリックすると、検索が始まります。heatmaps」では、マイクロアレイデータ解析でよく用いられるヒートマップでのデータ表示が行なえます。chromosomeの3種類が選べますが、それぞれどのようにデータが分類されるか試してみましょう。distribution」では実験データにおける発現の分布を参照できます。これにより、各サンプルのデータが互いに比較可能か(実験上のミスがないか)チェックすることができます。http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/を開きます。画面中央の「Platforms」をクリックします。PLATFORM」をクリックします。PLATFORM」をクリックします。Array」の左端にある「GPL570」というIDをクリックします。表示された画面の真ん中あたりにある「series」下の「More...」をクリックすると、登録されているデータセットを閲覧できます。File(s)」をクリックすると正規化済みのデータのダウンロードリンクが表示されます。file」にあるリンクから生データをダウンロードすることができます。自分の研究テーマに近い、また興味のあるマイクロアレイデータが利用可能か検索してみましょう。BioGPSヒト、マウス、ラットのさまざまな組織や細胞(株)における遺伝子発現プロファイルのデータベースBioGPSはAffymetrix社製のマイクロアレイであるGeneChip?を用いた遺伝子発現プロファイルのデータベース。SymAtlas【参考動画】のメジャーアップデート版。variant)の発現状況も調べることが可能。検索した遺伝子に対して、種々の外部データベースに横断検索することができる。https://biogps.gnf.org/を開きます。1(MyoD)の発現プロファイルを調べてみましょう。中央の検索窓に「myod」と入力し、「search」を押します。表示された検索結果をクリックします。最初はヒトのマイクロアレイデータが表示されます。マイクロアレイデータ左上の「Human(4654)」をクリックするとマウスやラットを選択できるので、「Mouse(17927)」をクリックしてマウスのデータを表示できます。rayout」をクリックすると、検索した遺伝子に関するマイクロアレイデータ以外のデータが閲覧できますが、どのようなデータが閲覧できるのか調べてみましょう。左上の「Search」タグをクリックして検索画面にもどり、自分の興味ある遺伝子について同様に検索してみましょう。http://www.informatics.jax.org/を開きます。alphaのデータを調べてみましょう。Search」を押します。Features」の項にある「ppara」をクリックします。Detail」が表示されます。真ん中あたりの「Expression」の項目へ移動します。Assays(実験手法別)、Results(全結果)、Tissues(組織別)、Images(Figのある結果)のそれぞれから発現データを一覧することができます。自分の興味ある遺伝子について同様に検索してみましょう。【参考】MGIでノックアウトマウス情報の有無を調べる統合TVで紹介していますので興味ある方はぜひご覧ください。(3878d)この作品は、クリエイティブ・コモンズ・ライセンスの下でライセンスされています。