乗務員は全て自衛官だが、航空自衛隊はB747-400の運用教則を保有していない。このため、乗員の教導・機体整備・グランドハンドリングなどは一部日本航空に委託されている。利用してよい事となっている。日本国内の交通事情ではあえて政府専用の旅客機を手配するような公務は少なく、飛行回数は決して多くない。用途はあくまで公務のみに限られており、単に要人が移動するからというだけの理由では使用許可が下りない。このため、導入当初は「宝の持ち腐れ」との批判もあったという。B747-400が旧式化して民間各社が機体更新を行ったため、2018年現在、日本で運用されている最後の旅客型B747となっている*1。この事によって機体の保守管理が困難になったため、2018年度限りで用途廃棄される予定。後継機としてB777-300ERが内定しており、これに併せて機体整備などの委託先も日本航空から全日本空輸に移る予定である。本機は、日本政府が初めて導入した政府専用機である。これ以前の公務海外旅行には、事実上のフラッグキャリアであった日本航空のチャーター便で対応していた。1980年代のイラン・イラク戦争の際、イラン国内邦人保護に利用できる航空機が存在しなくなるというアクシデントが発生。この醜態を受け、危地に送り込む事も想定した政府専用機が改めて必要となった。特別機の派遣が日本航空に要請されたが、同社の労働組合が乗員の安全上の理由から協力を拒否。当時の自衛隊も海外展開を全く想定していない体制であったため、現地に派遣可能な機体は事実上存在しなくなってしまった。結局のところ、件の邦人はトルコ政府が派遣したトルコ航空の特別機により救出されている。1987年、ボーイング社と購入契約を締結して2機を発注、1991年に引き渡された。当時の防衛庁は安全上の理由から3機の導入を望んでいた*2が、予算の都合から2機しか導入できなかった*3。政府専用機にB747-400が選ばれた理由は、日本から北米大陸東岸・西ヨーロッパまで無着陸で飛べる航続距離を持っていることに加え、当時、世界的な問題になっていた日本の対外貿易黒字削減の一面もあったという*4。当初、本機は総理府(現:内閣府)の所有する民間機扱いだったが、翌1992年に航空自衛隊へ移管され、軍用機扱いとなって現在に至っている。「VIP専用機」としてかなりの改装が施されており、座席数は150席程度と言われている。されている資料にはこの部分についての記載がない。ビジネスクラス相当の座席になっている。改装して兵員・避難民向けの一般客室に変更可能といわれている。会議室と同様、必要に応じて改装して兵員・避難民向けの一般客室に変更可能といわれている。秘書官室と同様ビジネスクラス相当の座席。プレミアムエコノミー相当の座席だが娯楽設備はない。マスコミなどの民間人に対しては運賃が請求される。二階席コックピット軍用機であるためIFF・軍用のUHF無線機*5などが追加。天井の天測用ハッチに器材を取り付けて国旗を立てることもできる。B747-400の直接の後継モデルはB747-8だが、日本での同機は現在、貨物型が日本貨物航空で運用されているのみにとどまっている。そのことを見越してか、当時の総理府は3機分のシリアルを予約していたが、使用されたのは2機分のみだった。その後も予備機の導入は検討され続けたが、ミサイル防衛に予算を取られて断念している。同じ頃、フランスからシュペルピューマが「政府専用ヘリコプター」として導入されたのもこれと同じ理由である。民間機は通信にVHFを用いている。