仮定したモデルに含まれていない効果が、応答に影響しているケースもあります。「交絡項」アウトラインには、仮定したモデルには含まれていないものの、モデル項の推定値にバイアスを与えている可能性がある効果を指定します。matrix)に、この「交絡項」アウトラインで指定した効果ごとに、それらの効果によって「モデル」のパラメータ推定値がどれだけバイアスをもつかが示されます。「交絡行列」を参照してください。デフォルトでは、「交絡項」アウトラインには「モデル」アウトラインに含まれていない2次交互作用効果がすべて含まれます(ブロック因子に関連する項を除く)。項は、ボタンを使って追加または削除できます。ボタンを使って「交絡項」に効果を追加する方法については、モデルを参照してください。「計画の評価」プラットフォームでは、「交絡行列」に含まれる効果に変更を加えると、それに応じてただちに「交絡行列」アウトラインが更新されます。「カスタム計画」プラットフォームでは、「交絡項」アウトラインで効果に変更を加えた後、[計画の作成]をクリックする必要があります。これら以外の「実験計画(DOE)」プラットフォームには、「交絡項」アウトラインがありません。計画を作成した後、「計画の評価」アウトラインの下に「交絡行列」アウトラインが表示されます。