自分で作成したグラフィックや音楽を素材として、オリジナル格闘ゲームが作成可能。上記4点がエディタとして実装されており、サブウインドウとして開いて連携できるため、非常に使いやすくなっている。単なるツールでなく、スクリプトと変数が使えることも大きな特徴。瀕死になった場合あるコマンドを入力すると強力なパンチが打てたり、ある技からしか連携できないコンボを発動させたり、多彩な表現が可能になっている。システムが充実しているため、上手に使いこなすことでほとんどの市販されている対戦格闘作品のシステムをほぼ遜色無く再現することができる。応用次第ではゲームは対戦格闘に限らず、例えば格闘ゲーム風のアクションゲーム、多数の敵キャラクター相手にプレイヤー一人で戦うようなゲームなども作れる。以前の格闘ツクール95からスクリプト命令が大幅に追加されており、変数や入力コマンドを使用した条件設定、画像の色変更やフラッシュなどの演出機能、多彩な動きの設定が可能になったオブジェクト機能、ストーリーモードの分岐設定機能など、作れるゲームが幅広くなっている。