ようにバージョンを表示。参考:検索時間はヒット件数に比例するため、ものすごくヒット件数が多い場合は時間がかかるかもしれません。【実習2】配列検索:ヒトのある遺伝子に対してRT-PCRを掛けようとしたらなぜかバンドが2本。501bp同じ遺伝子の2つのvariantが増えてしまったらしい。【実習3】マイクロアレイのプローブの場所を知りたい。GeneChip?マイクロアレイの場合、1遺伝子につき25塩基×11対のプローブで検出プローブセットと呼ぶ。http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/を開きます。profiles」に自分の検索したい遺伝子名を入力します。今回は例として「nanog」という遺伝子を検索してみましょう。入力終了後、「GO」をクリックします。GEOに登録されている様々な実験条件で行なわれたマイクロアレイ実験における「nanog」遺伝子の発現データが表示されます。検索結果の右端にある画像をクリックすると、発現データの詳細をみることができます。このサンプルでは、nanogはどういう細胞のどういう実験条件で発現が増減しているか調べてみましょう。ページ下部の「samples」に列挙されたリンクをクリックすると、そのサンプル(一枚のマイクロアレイ)の詳細を閲覧できます。リンク先のページの中ほどにある「series」のリンクをクリックすると、この実験全体の詳細情報が見られます。File(s)」をクリックすると、この実験の正規化補正済みのマイクロアレイデータをダウンロードすることができます。http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/を開きます。profiles」に自分の検索したい遺伝子名を入力します。今回は例として「nanog」という遺伝子を検索してみましょう。入力終了後、「GO」をクリックします。GEOに登録されている様々な実験条件で行なわれたマイクロアレイ実験における「nanog」遺伝子の発現データが表示されます。GDS3262)をクリックすると、解析用の「データセットブラウザ」が開きます。profiles]」をクリックすると、この実験データセットにおける個々の遺伝子発現状況を検索できるページに飛びます。)すると、この実験データセット内におけるその遺伝子の発現データが検索できます。Tools」では詳細なデータ解析が可能です。symbol:」のところに自分の興味ある遺伝子名を入れてみましょう。condition(s):」の「GO」をクリックするとどのような遺伝子がヒットするでしょうか。samples」では2群間で発現に差のある遺伝子を(統計学的に)検索できます。step1で発現量の違いを検出する方法を設定します。step.2で比較する2群の設定をします。B」をクリックすると、検索が始まります。heatmaps」では、マイクロアレイデータ解析でよく用いられるヒートマップでのデータ表示が行なえます。chromosomeの3種類が選べますが、それぞれどのようにデータが分類されるか試してみましょう。ヒートマップ上をクリックすると領域選択が開始されます。クリックすると選択した範囲が拡大されます。クリックすると、各遺伝子のサンプルごとの発現の様子がプロットで確認できます。クリックすると、選択範囲内のデータを棒グラフで見られます。クリックすると、選択範囲内のデータがテキスト形式でダウンロードできます。distribution」では実験データにおける発現の分布を参照できます。これにより、各サンプルのデータが互いに比較可能か(実験上のミスがないか)チェックすることができます。http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/を開きます。画面中央の「Platforms」をクリックします。PLATFORM」をクリックします。PLATFORM」をクリックします。Array」の左端にある「GPL570」というIDをクリックします。表示された画面の真ん中あたりにある「series」下の「More...」をクリックすると、登録されているデータセットを閲覧できます。File(s)」をクリックすると正規化済みのデータのダウンロードリンクが表示されます。file」にあるリンクから生データをダウンロードすることができます。自分の研究テーマに近い、また興味のあるマイクロアレイデータが利用可能か検索してみましょう。日本語のインターフェイスで快適に使い、データの全容を俯瞰するための仕組みです。登録されている遺伝子発現データの大まかな傾向をつかむのに役に立つことでしょう。Discoveryマイクロアレイデータの生物学的な解釈http://david.abcc.ncifcrf.gov/マイクロアレイ実験の一般的な目的は、実験条件によって得られたある遺伝子群の発現が生物学的にどういう意味を持つかを考えることです。Ontologyの用語を付与することで、生物学的な解釈を行います。GEOより取得した公共の遺伝子発現データを用います。このデータは、ある実験の前後の2群間で有意に発現減少した遺伝子群のリストです。110208_IDlist.txt(右クリックして「新しいタブで開く」もしくは「名前を付けてリンク先を保存」してください。Analysis」をクリックします。ファイルを指定します。リストのIDの種類タイプを選択します。クリックするとリストが読み込まれます。List_1」等として保存されています。削除やrenameもできます。Tool」をクリックします。Ontologyを用いた解析の細かいメニューが表示されます。Process)に注目します。その右の「Chart」をクリックすると結果がポップアップされます。生物学的にどういうことが言えるでしょうか。(2755d)この作品は、クリエイティブ・コモンズ・ライセンスの下でライセンスされています。