[#kb9a11e1]//-「最適経路中の部分経路もまた最適経路になっている」//-動的計画法は、この原理を利用して最適化問題を解く。//-ある問題を、多段階に「バラす」ことができる場合、動的計画法によって各段階の最適解(経路)を求め、それをたどることで、全体の問題を解くことが可能になる。[#zba85d5e]-SSEARCH--配列全体を探索-FASTA--よく似た領域の周囲だけを探索-BLAST--「ワード」の一致を発見--そこからアラインメントを横へ伸ばす。伸びなくなったらあきらめる。http://togotv.dbcls.jp/20070808.html-今回はBLASTを使って機能未知のアミノ酸配列の機能を推定してみましょう。database」で「swissprot」を選択--検索対象としてどのデータベースを選ぶかは非常に重要です。解析の目的に合わせて適切なデータベースを選びます--今回は機能未知配列の(なるべく)正確な機能を推定したいので、人手で整備されている(データがきれいな)swissprotを選びました。表示される//--すぐ計算が終わった場合は表示されない。Domains」をクリックすることで表示できる。options」から結果を別の書式で表示させることができます。-結果上部にある「Download」から結果を別の書式で表示させることができます。cDNAやESTのゲノムへのマッピング(貼り付け)は、BLATのほうがよい&br;//のちほど「真核生物のスプライスサイト予測」で利用します。all」をチェックすれば全部の配列にチェックが入ります。PSI-BLASTを使うと、何回も繰り返し検索を実行することで類似が低いが遠縁であるような配列を捕まえることもできます。上記の配列で実行してみましょう。(A)-メタゲノムプロジェクト(ある場所にいる生物のゲノムをまとめて読む)の数も見れます--どのような場所の生物集団が対象になっていますか?調べてみましょう-【演習】:あの生物(犬とかネコとか)のゲノムは読まれているか?調べてみよう。