林葉が将棋界を離れた後も、中井との二強時代が続いた[11]。合わせて女流四冠独占を達成[9]。これにより文部大臣表彰も受けた[9]。同時期に羽生善治が七冠タイトルを独占していたことから、俗に「女羽生(おんなはぶ)」と呼ばれた[11]。1996年7月17日に文部大臣表彰[7]、1997年に都民文化栄誉章をそれぞれ受ける[12]。2000年、5期目の女流王将を獲得してクイーン王将となり、他の3タイトルのクイーン称号と合わせてクイーン四冠を達成[9]。同年10月1日、女流棋士として史上最高位となる女流六段に昇段した[9][1]。2004年、中井広恵と、女流棋士では初の百番指しを記録[13]。この時点での対戦成績は清水の60勝40敗であった[13]。制して矢内理絵子から女流名人を奪取し、女流タイトル獲得最年長記録を更新した(40歳1か月。それまでの記録は、斎田晴子の39歳11か月での倉敷藤花獲得)。2010年度、コンピュータ将棋ソフト「あから2010」と対戦して敗北[14]。里見香奈に敗退し、1992年から常にタイトルを1つ以上保持し続けていた清水は、18年ぶりに無冠となった[15]。更新した(49対局)[16]。更新した(40勝)[17]。2011年度の最終成績は、55対局・40勝15敗であった。19年で止まる[19]。中井広恵に勝利し、2012年2月以来のタイトル戦出場を決めた。甲斐智美に敗退[20]。第41期女流名人リーグを1位タイの6勝3敗で終え、プレーオフを制して挑戦権を獲得したが、五番勝負では里見香奈に敗退。リーグでは8勝1敗で2年連続の挑戦となるも、五番勝負では里見香奈を相手にフルセットに持ち込むも敗退。リーグでは旧A級リーグ時代を含めて最上位リーグで初の負け越しを喫し、第14期に昇級して以来初の最上位リーグ陥落。リーグA級時代を含む)。第29期女流王位戦では挑戦者決定戦に進出するも、渡部愛に敗れて挑戦権獲得ならず。伊藤沙恵に勝ち[21]、2015年度の第42期女流名人戦以来となる約3年ぶりのタイトル挑戦を決め[22]、女流タイトル挑戦最年長記録を更新した(49歳8か月。それまでの記録は、山田久美の47歳8か月での倉敷藤花挑戦)[23]。里見香奈との五番勝負は0勝3敗のストレート負けに終わった[24]。就任(担当業務は渉外部・事業部)[6]。一般社団法人及び一般財団法人に関する法律を根拠法とする法人である日本将棋連盟の常務理事は、株式会社の役付取締役に相当する[25]。女流棋士が連盟の常勤の理事となったのは、清水が史上初である[6]。市代という名前は、父親の名前の一字に「“代”という字を付けたかった」ということで名付けられた[26]。女流棋士を弟子に持つ唯一の女流棋士であった[27]。1999年の女流王将戦で、弟子の石橋幸緒と師弟対決が実現し石橋が清水からタイトル奪取した[28]。勝負に徹する堅い性格のイメージがあるが、おちゃめな一面も持っており、著書や将棋雑誌のエッセイなどではかなりくだけた文体で文章を書く[29]。対局中はいつも背筋をピンと伸ばす、駒音はほどほどにするなど、作法にこだわりがある[30]。自宅にて子供向け将棋教室「ショウギ・キッズ・ハウス」を開いている[31]。趣味は読書(池波正太郎の時代小説などが特にお気に入り)、茶道(表千家)、家庭菜園など[8]。他に、同じく女流棋士の斎田晴子とプロ棋士の小林健二も共演している[7]。1993年4月~1996年3月、NHK-BS「囲碁・将棋ウィークリー」(現「囲碁・将棋ジャーナル」)の司会を担当[7]。2003年4月から半年間、女流棋士として初めてNHK将棋講座の講師を務めた[7]。2014年4月から2016年3月にかけてNHK杯テレビ将棋トーナメントの司会を担当した[32]。