論文コンペ会場も標的となったが達也がテロリストを撃退し、VIP会議室の端末で情報を得たところ、敵の勢力は予想以上に大きいことが判明する。横浜騒乱編VII戦場と化した横浜で、魔法科高校の生徒たちはテロリストを相手に奮戦する。十文字は魔法協会支部へ赴き、将輝は義勇軍に参加。達也を独立魔装大隊に送り出した深雪は、真由美や一般市民と共に避難するが...。横浜騒乱編VIII独立魔装大隊が組織した達也ら飛行兵部隊により、テロリストの部隊は次々と殲滅した。「分解」と「再成」という自身の能力を存分に使って戦う達也の姿に、敵兵の間に激しい動揺が走った。(ウィード)』と呼ばれていた。そんな魔法科高校に血の繋がった兄妹が入学する。