【5】変異のクオリティとインパクト前回の記事までで、変異の公開データベース、変異のクオリティ、さらにタンパク質に与える影響(インパクト)を用いて約100,000個の変異を920個に絞り込みました。今回は最終段階である、遺伝型による絞り込みの話です。この家系では、LCA罹患者の両親(III-4、III-5)はLCAを発症していないことから、LCA関連変異は劣性遺伝していると考えられます。そこで、920個のうち両親ではヘテロ、罹患者ではホモである変異を抜き出しました。本解析で用いているQmergeVCFは遺伝型もアノテーションしていますので、引き続きawkコマンドで抜き出しました。24個にまで減らすことができました。最終的に疾患関連変異候補に残った24個はこちらです。amaurosis)。家系情報(トリオ)などの情報は、Exome解析により得られた大量の変異から疾患関連候補を絞り込むのに有効であることが示されました。......と、実は連載開始時点ではここで終わる予定だったのですが、さらにあと1回続きます。ここまでの解析では父、母、子のトリオ(それぞれIII-5、III-4、IV-1)のExomeシーケンスデータを用いていますが、論文で用いられている子(IV-1)の兄弟(LCA罹患者と非罹患者が1人ずつ)のExomeシーケンスデータも公開されています。トリオに加え、兄弟のExomeシーケンスデータにより得られたより詳細な家系情報を用いて、さらに絞り込みを行いました。結果を次回でお話しします。(1)memberid:amelieffid:Fuku-Iid:miwa-tid:hr-kid:fujinamisid:miya-yid:kubo-mid:ta-yid:yama_toid:yokokozuarchivesはてなブログをはじめよう!amelieffさんは、はてなブログを使っています。ブログを報告するスターをつけました引用をストックしましたストック一覧を見る閉じる引用するにはまずログインしてくださいログイン閉じる引用をストックできませんでした。再度お試しください閉じる限定公開記事のため引用できません。