genomicsが開発した、「GemCode」と呼ばれる次世代シーケンサーの新しい前処理技術です。readsと呼ばれる)を生成するというものです。解析」や「HLAなどの高度な多型性を持つDNA領域の解析」を精度よく行うことができます。方法としては、(1)それぞれ異なるバーコード配列が付加されたゲルビーズのライブラリの液滴(2)試薬と混合させたナノリットル(nl)のスケールのDNA分子の油液をマイクロ流路を使って混合させます。(1)と(2)が合わさることで、10-100kbほどのDNA分子が断片化され、各DNA配列に同一のバーコード配列がライゲーションされます。このようにして、バーコード配列をライゲーションさせたDNA配列をIlluminaのシーケンサーで読みます。このとき、同一のバーコードを持つDNA配列(シーケンスリード)群は、(1)ゲノム上で近接している(2)(母方もしくは父方の)同一ハプロタイプに由来している。assemblyを行うことで、合成的にに長いDNA配列(10-100kb前後)を構築することができるというわけです。GemCodeの技術について、こちらの動画がわかりやすいので見てみてください。Genomicsによると、従来のIlluminaのWGSやExomeと同様のリード数(Coverage)で解析が可能とのことです。ランニングコストとしては通常のIlluminaのシーケンスと同じぐらいと考えてよさそうです。ゲノムDNAは「1ng」からシーケンスできます。現在のIlluminaの手法と比較しても、かなり少量でも試せます。比較対象:http://dnatech.genomecenter.ucdavis.edu/sample-requirements/Illuminaのショートリードの弱点を補完するGemCode技術。様々な解析での活用が期待できると思います。genomicsの技術により得られたシークエンスデータの解析を試しているところです。インターンシップ感想はじめまして、アメリエフにインターンに来ているimamachi-nです。Genomicsの調査などを行ってきました。私は大学では実験を行いつつ、Linux、PythonやRなどを利用してNGS解析も行っています。今まで、PythonやRのコーディングに関しては独学でやっていたので、恥ずかしながら適当なコードを書いていました。アメリエフでは、書いたスクリプトを社員の方に繰り返し確認していただき、修正すべき点をチェックしてもらいました。Pythonでコーディング規約に即した書き方をしているかflake8を使いチェックを行う方法も教えてもらいました。今まで適当に書いていたスクリプトを見なおすことで、無駄のない効率的なコードや、あとで見直した時に可読性の高いコードを書く方法を学ぶことができました。社内で使用していたSlackは、今では私の研究室でも試験的に導入しています。NGS解析について結果やデータの共有、ディスカッションを行う際にSlackを活用しています。今まではメールでやり取りしていたのですが、Slackを使うことで今まで議論してきたことなどがログとして残るので便利です。社員の方と一緒に仕事ができるという点で、非常に充実したインターンシップだと感じました。NGSの解析に興味がある方にとっては、アメリエフのインターンシップは最適だと思います。アメリエフで働きたいという方も会社の雰囲気をつかむ上でインターンシップに参加するメリットは大きいと思います。社員一人ひとりのモチベーションが高く、新しいことにどんどんチャレンジしていく風土がある。新しいNGSの技術が出てくる中で、迅速にそれらに対応し、バイオインフォマティクスの専門家として適切な解析方法を提案できる。ウェットの研究者が抱えるデータ解析上での課題に対して、綿密に対応してくれる。それがアメリエフという会社だとインターンシップを通して感じました。(1)memberid:amelieffid:Fuku-Iid:miwa-tid:hr-kid:fujinamisid:miya-yid:kubo-mid:ta-yid:yama_toid:yokokozuarchivesはてなブログをはじめよう!amelieffさんは、はてなブログを使っています。ブログを報告するスターをつけました引用をストックしましたストック一覧を見る閉じる引用するにはまずログインしてくださいログイン閉じる引用をストックできませんでした。再度お試しください閉じる限定公開記事のため引用できません。