フォローしましたマスラダ・カイはナラク・ニンジャの力によって死の淵から蘇り、ニンジャスレイヤーとなった。彼は幼馴染であるアユミの仇を討つべく、謎の存在「サツガイ」を追い求める。邪悪なニンジャ「ジェイドマムシ」のもとにニンジャスレイヤーが現れる。第1話【トーメント・イーブン・アフター・デス】その瞬間、タキの受難は始まった。「オレが拾ったのは、死神だったんだ」......新たなニンジャスレイヤー=マスラダ・カイの暗黒の旅路が今、幕を開ける!第2話【マーセナリイ・マージナル】ニンジャスレイヤーが仇と狙う「サツガイ」は、ニンジャのもとを訪れ、その者に新たな力を授ける。第3話【サンズ・オブ・ケオス】サツガイ接触者のネットワーク「サンズ・オブ・ケオス」の尻尾を掴んだニンジャスレイヤーは、狂ったサツガイ崇拝者と遭遇する。自我を持つ美しいオイランドロイド「コトブキ」が登場!第4話【ヨグヤカルタ・ナイトレイド】ボロブドゥール、ヨグヤカルタ。邪悪なる君主シャン・ロアが支配する夜の国を訪れたニンジャスレイヤー。ジョーを破られれば破り返すまで。サツバツナイトはボロブドゥールの王に挑む!第6話【ストーム・イナ・ユノミ】ピザタキ。ニンジャスレイヤーが隠れ潜む、情報屋タキの根城......表向きは冷凍ピザをセルフで焼いて食べるピザ・バーだ。注意深い行動によって、ニンジャスレイヤーとピザタキの関係はこれまで悟られずにいた。......あの男、「アモクウェイブ」が嗅ぎつけるまでは。自我を得たオイランドロイドはウキヨと呼ばれ、ある者は人間社会に溶け込み、ある者は人里離れた地に共同体を築く。その存在をTV番組で知ったコトブキは、仲間に会う為にネオサイタマを飛び出す。目くるめく四次元魔術都市デジ・プラーグ。『エー、次は、イナマミ。車両連結トラブルがありましたので、現在、8両で運行しておりますが、皆さんは時間通りです。満員電車の全員死亡をかろうじて妨げ、それゆえに力尽きたニンジャスレイヤーを川から引きずり上げたのはソウカイ・シックスゲイツの戦士、ガーランドであった。正攻法で彼を倒すのは困難を極める。黒いトリイと荒野の光景は現出し、ハッポースリケンは飛ぶ。