Blog2016-03-31STARとCufflinksバイオインフォマティクスRNA-seq解析におけるマッピングソフトウェアの選択肢は、TopHat一強から、STARもずいぶん多く使われるようになってきました。言い切る人もいますが、まだ根強くTopHatユーザもいるという印象です。マッピングは解析の中でも、非常に重要ですが、実行時間がボトルネックということも多いので、マッピングソフトウェアの速度や精度は非常に気になるところですね。intronMotif」オプションでXSタグを付ける必要があります。※STARのバージョンは2.5.1bです。SortedByCoordinateデフォルトでは出力ファイル形式がSAMなので、BAMファイルで出力します。SortedByCoordinateと指定しているので、染色体のポジションでソートされて出力されます。zcat入力fastqファイルをSTARで処理する前に実行するコマンドを指定できます。今回使用しているfastqファイルはgz圧縮しているので、zcatでファイルを解凍した結果をSTARで処理しています。(1)memberid:amelieffid:Fuku-Iid:miwa-tid:hr-kid:fujinamisid:miya-yid:kubo-mid:ta-yid:yama_toid:yokokozuarchivesはてなブログをはじめよう!amelieffさんは、はてなブログを使っています。ブログを報告するスターをつけました引用をストックしましたストック一覧を見る閉じる引用するにはまずログインしてくださいログイン閉じる引用をストックできませんでした。再度お試しください閉じる限定公開記事のため引用できません。