所在する東京都の学校が東東京大会に出場する。組み合わせ抽選の際は原則として、春季東京都大会(東西関係なく対戦)のベスト16以上進出校が3回戦からのシード(勝ち上がりによってシード順を決める)となり、残りの参加校は抽選により1・2回戦に振り分けられる。この為、毎年シード校の数は変わる。審判員の審判服は、第81回大会より現在のスタイル(球審は第80回記念大会までアウトサイドプロテクター)。開会式は毎年14:30から、東西合同で明治神宮野球場で行われる。決勝で球速を表示している。