Libraryバイオインフォマティクスバイオ分野で使われているプログラミング言語には、バイオインフォマティクス向けのライブラリが用意されており、BioPerlやBioPythonなどをご存知の方は多いかもしれません。最近注目されているGoogleによって開発されたGO言語にも、バイオインフォマティクス用のライブラリであるbiogoというものがあります。今回はそのbiogoを使用している例として、Lariatというアライメントツールのご紹介をしたいと思います。Genomicsが開発したGemCodeシステムに対応したアライメントツールです。GemCodeシステムはバーコード配列を利用してショートリードから合成的にロングリードを生成する革新的なシステムです。入力はFASTQ-likeなフォーマットで、入力ファイルに以下の情報が必要になります。qualsLariatの最初のステップでは、BWAのAPIを使ってアライメントを行っていきます。次のステップでバーコードの情報を使って反復領域などのマッピングが難しい領域のリードを繋げていき、最終的なマッピングのポジションなどを決定します。duplicationなどの反復領域などへのリードのマッピングの正確性が向上すると考えられています。ちなみに、biogoはBAMやSAMファイルのハンドリングに使われています。Rangerというパイプラインに組みこまれているので、自分で用意することはないと思います。(1)memberid:amelieffid:Fuku-Iid:miwa-tid:hr-kid:fujinamisid:miya-yid:kubo-mid:ta-yid:yama_toid:yokokozuarchivesはてなブログをはじめよう!amelieffさんは、はてなブログを使っています。ブログを報告するスターをつけました引用をストックしましたストック一覧を見る閉じる引用するにはまずログインしてくださいログイン閉じる引用をストックできませんでした。再度お試しください閉じる限定公開記事のため引用できません。