UCSでのバイト順マークU+FEFFのUTF-8での表現)を付加することが許される。一部のテキスト処理アプリケーション(テキストエディタなど)がBOMを前提とした動作をすることがある。TeraPad、EmEditor、MIFESのようにBOMを付加するかどうかを選択できるものもある。日本の特殊事情として、このシーケンスがある方をUTF-8、ない方を特にUTF-8Nと呼ぶこともある[11]が、このような呼び分けは日本以外ではほとんど知られておらず、また公的規格などによる裏付けもない[12]。このシーケンスを通常の文字と認識するプログラムでは、先頭に余分なデータがあるとみなされて問題となることがある。Unix系OSにおける実行可能スクリプトは、ファイル先頭が「#!」から始まるとき、それに続く文字列をインタプリタのコマンドとして認識するが、多くのシステムでは、このシーケンスが存在するとこの機能が働かず実行できない。PHPでは、<?PHPの前に出力されるため、header()関数の実行に失敗する原因となる。HLSLやGLSLのシェーダープログラムコンパイラ(fxcやglslangValidator)はBOMを処理できず、コンパイルエラーとなる。逆にこのシーケンスがない場合、UTF-8と認識できないプログラムも存在する。Excelでは、CSVファイルを開くとき、このシーケンスが付加されていないUTF-8の場合は正常に読み込むことができない[13][14]。Updateより前[15])、ワードパッドも同様である。2015以降ではコンパイルオプションを指定することでBOMなしUTF-8を認識することができるようになっている[16]。BOMがなくともエンコード自動推定によってUTF-8とShift_JISなどを区別することのできるプログラムもあるが、ASCII部以外の文字が少ない場合に誤認することが多い。逆にプロトコルがそれを保証しない場合このシーケンスは禁止されずファイル先頭のそれはバイト順マークと見なされる[17]。Windowsにおける有名なワームであるNimdaウイルスは、IISにおけるUTF-8の脆弱性をもちいたものである。2005年5月6日時点のオリジナルよりアーカイブ。2013年9月18日閲覧。このため、UTF-8という呼び名を使っていれば情報交換の相手が文書先頭にこのシーケンスがあると見なすと期待すべきではないし、また、UTF-8Nという呼び名は情報交換の際に用いるべきではない。2014年9月10日閲覧。つぶやきブログ』2007年3月15日。2019年12月30日閲覧。2010年1月1日閲覧。3.0のもとで利用可能です。プライバシーデスクトップ。