バイオインフォマティクスの備忘録コンテンツへスキップバイオインフォマティクスの備忘録バイオインフォマティクスやPython等プログラミング関連の情報をメモしておきます。LLCからお願いいたします。武漢の新型コロナウイルスのゲノム配列NCBIでゲノム配列が公開されています。virusなので、日本語訳すると武漢海鮮市場肺炎ウイルスでしょうか、、、使われたシーケンサーはIllumina、アセンブリにはMegahitが使用されているようです。何も考えずにBLASTかけてみました。上位は新型コロナウイルスの別のシーケンス結果で、それ以降は「SARS」や「コウモリ」の文字が見られます。患者の特徴も類似―香港大という記事もあったので、なるほどという感じですね。genome)のゲノムを簡易的に比較してみました。plot)を描いています。ドットプロットは2つのゲノム配列をそれぞれ横軸と縦軸に割り当てて、塩基配列が一致した箇所に点を打つ手法です。2つのゲノム配列が完全に一致すると綺麗に斜めに線が現れます。今回の結果を見るとゲノム配列の全長に渡ってほぼ一致しています。右下の方に少し線が途切れている箇所が見られるようです。この部分がゲノム配列が一致していない箇所となります。virus])のようです。glycoproteinが変化したことで人にも感染するようになったということでしょうか。コメントをキャンセルメールアドレスが公開されることはありません。