現生種は分類学上2つのグループ(亜目)のどちらかに所属する。これらは、頸部(首)を甲羅に納める方法によって分類される。その単系統性については議論があるものの三畳紀に生息していた初期の絶滅群をプロガノケリス亜目としてまとめることもある。曲頸亜目のカメは南半球に分布し、頸(くび)を水平に折り曲げて甲羅に納める。これに対して潜頸亜目のカメは、頸を垂直にS字形に縮めるようにして納める。頭部では、顎を動かす筋肉である下顎内転筋が向きを変える位置も両者で異なっている。腰骨と甲羅の接続部も異なる。潜頸亜目は両者が靭帯で結合しているのに対し、曲頸亜目では双方が癒合している。現生種は約300種とされる[8]。:†メイオラニア、等。