多くの謎と衝撃に包まれた前シリーズの最終回。横浜の街が大混乱に陥ったあの事件から三か月が経ち、カフェ・ノーウェアの面々にも日常が戻っていた。そんな中、ムラサキは、はじめとコンビを組み、再び探偵を始めていた。黒主優姫は黒主学園普通科の一年生。ナイト・クラスのある”秘密”を守るという重大な任務が課せられていた。Guilty黒主優姫は黒主学園普通科の一年生。ナイト・クラスのある”秘密”を守るという重大な任務が課せられていた。対話不能の異生物・奇居子(ガウナ)破壊された太陽系。小惑星を船体とした巨大なる宇宙船シドニアで繁殖しながら宇宙を旅する道を選んだ。それから約1000年の時を経たシドニア出航紀元1009年。ながて)が、祖父の死を期に街へ出る。そこで初めて祖父以外の人間と触れあっていく。様々な訓練生たちと学校生活を送る中、ついに長道たちに初任務が下される。それは決して困難な任務ではないはずだった。長道たちの前に突如、奇居子が出現。人類の存亡をかけた戦いが今、始まる――。