バイオインフォマティクスの備忘録コンテンツへスキップバイオインフォマティクスの備忘録バイオインフォマティクスやPython等プログラミング関連の情報をメモしておきます。LLCからお願いいたします。解析対象とするfastqファイルをダウンロードしていきます。Toolkitをインストールしていない場合には、以下のコマンドでインストールできます。sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gzbinフォルダにパスを通しておいてください。以下のコマンドでSRR3485766のfastqファイルをダウンロードできます。SRR3485766_1.fastqとSRR3485766_2.fastqが作成されました。参照配列をダウンロードします。Homo_sapiens.GRCh38.94.gtf.gz次に、STARのインデックスを作成していきます。STARをインストールしていない場合には、以下のコマンドでインストールできます。2.6.1d.tar.gzbin/Linux_x86_64にパスを通しておきます。以下のコマンドでインデックスを作成します。マッピング以下のコマンドで、マッピングをします。sample1リードカウントHTSeqをインストールしていない場合には、以下のコマンドでインストールできます。htseq以下のコマンドで、リードカウントをします。result.txtresult.txtにリードカウント結果が得られました。コメントをキャンセルメールアドレスが公開されることはありません。