従業員が新型インフルエンザに感染した場合は、医師の指導による療養、保健所の要請(外出自粛)など感染拡大防止に努めなければいけません。労働安全衛生法では「病毒伝ぱのおそれのある伝染病の疾病にかかった者については、その就業を禁止しなければならない。(第68条)」と決められています。この場合、法令を遵守するために命じた休業なので、「使用者の責に帰すべき事由による休業」に該当しないので、労基法第26条に定める休業手当(平均賃金の60%以上)を支払う必要はありません。従って、就業禁止期間中の所定労働日を無給とすることは違法とはなりません。休業手当の支払が必要となります。新型インフルエンザと判断できない時点で、労働者が自主的に休む場合は、通常の病欠と同じ扱いで問題ありません。「熱が37°C以上なら自宅待機」などと事業主が休業を命じた場合は、上記のとおり休業手当を支払う必要があります。濃厚接触者(2m以内で接触した者)であることにより、保健所の協力要請で休業する場合は、「使用者の責に帰すべき事由による休業」に該当せず、休業手当の支払は必要ありません。疑いの段階などで、保健所などの協力要請が出ていない場合、本人からの申出により休業するときは通常の病欠扱い、本人からの申し出がなく事業主の判断で休業を命じた場合は、休業手当の支払が必要となります。年次有給休暇は、原則として労働者の請求する時季に与えなければいけません。従って、本人の申し出なしに事業主が一方的に年次有給休暇を取得させることはできません。前に本人から申し出があれば、年次有給休暇とすることができます。