原則は、取引内容がわかるように処理しますから、例えば1000円の仕入れで8%の課税取引を5%で処理していた場合で差額の3%を後になって請求された場合以下のように取り消した取引と正しい取引を総額で記帳します。現在お使いの経理ソフトはこのような原則処理をすることを前提に消費税計算の集計を行っております。よって次のような処理をすると経理ソフトの集計が狂います。消費税30円となり、仕入と消費税の関係のつじつまが合いません。1年間の経理処理は大量になります。決算時に上記のような差額だけの処理があると、経理ソフトの集計表のつじつまが合わなくなります。その原因が、差額処理なのか、単なる間違いなのかを解明することは大変難しくなります。経理担当者がいる場合はまだしも、社長や奥さんが経理ソフトの入力もしているような場合では、元の取引を探し出して総額で訂正する作業はかなりの負担になります。そこで消費税調整勘定を設定し、差額は3%と決まっておりますから、3%で割り返した金額を両建てすることをお勧めします。