packagesな状態にしていると、間のパッケージにファイルを作成することができません。下の画像の状態でdomaパッケージを選択してファイルを作ると、domaの下に作られます。これを、siosio配下に作るかdoma配下に作るかを選択できるようにする方法です。ActionからRegistry画面を開きます。設定を変更する「projectView.choose.directory.on.compacted.middle.packages」のチェックをオンにすることで、作成するパッケージを選択できるようになります。ファイルを作ってみるとどこに作るか聞いてくれます。