標準化されているハイスループットなNMRに基づくメタボローム解析を行い、心疾患や癌といった死因の如何によらない全死因死亡リスクの指標となる14種類の代謝産物を同定し、全死因死亡率の長期予測モデルを構築した。(18~109歳)からの血液サンプルを対象として、226種類の代謝バイオマーカのメタ解析を行った。1から引用した左下図参照)。2から引用した右上図参照)。1から引用した右下図参照)。NMRにより高齢患者に侵襲的療法が適切か否かといった臨床的判断の手がかりや、高齢者を対象とする臨床試験のサロゲートエンドポイントになり得る。ブラックボックスである人工知能を開けて見たい)。一方で、抗生物質による感染症治療は、多剤耐性菌の蔓延に、変革を迫られており、抗生物質の新たな作用機序の同定が試みられている。(以下、間接的経路)。University、UCSDの研究グループは、抗生物質研究を目的とした生化学スクリーンとネットワークモデリングを組み合わせたホワイトボックス型機械学習プラットフォームを開発することで、間接的経路が、抗生物質によるヌクレオチドプールの恒常性破綻を契機とするヌクレオチド生合成経路活性化のポジティブ・フィードバック回路(**)が形成されることによることを明らかにした。(これまでの機械学習による細胞内過程のモデリングは、与えられたジェノタイプから与えられたフェノタイプを出力するネットワークモデルを遡及的に推定)。(IC50)を判定した。states'の直訳)を予測した。v.22.0でアノテーションが付されている431種類の代謝経路と超幾何分布解析を介して照合し、13種類の代謝経路が、3種類の抗生物質のうち少なくとも1種類の抗生物質の致死性に影響を与えると判定した。EPFL)GWASによって種々の表現型に相関する膨大な数の遺伝子座が同定されたが、複雑な表現型を決定づける遺伝因子群の多くは未だ不明であり、その解明は、遺伝子から表現型に至る多層な階層的データとその統合的解析から進めていくことになる。approach/integration/analysis)”のケーススタディーを行った。リコンビナント近交系BXDマウス386匹80コホートの代謝、ミトコンドリア機能、ならびに循環器機能を2種類の環境条件で測定。全例のゲノムと肝臓を対象とするトランスクリプトーム(25,136転写物)、プロテオーム(2,622タンパク質)ならびにメタボローム(981代謝物)データを取得し、ネットワーク解析。85%がその中の転写物またはタンパク質に特異的に影響を与えることを見出した。トランスオミクスによって、個々のオミクスからは見えて来なかった遺伝型と表現型の間の階層的因果関係を見出した。配列変異がタンパク質の活性を変え、ひいてはミトコンドリア呼吸鎖スーパー複合体形成過程を改変することを見出した。ミトコンドリアタンパク質と、心拍数、コレステロール合成、ならびに分岐鎖アミノ酸といった複雑な代謝表現型とのリンクも見出した。本研究は、定量的プロテオーム測定が、トランスクリプトミクス、ゲノミクスおよびメタボロミクスを相補する鍵となって、複雑な形質の解析を前進させていくことを示した。