それまでの神仏習合から神道に変わりました。明治になって移築されました。小さいころは赤い色で塗られていましたが、昭和50年代に大風が吹いて、大木の枝が倒れつぶれました。)に調査をお願いしたところ、黒い色が赤い塗装の下に見つかりました。そこで当時を復元しました。このお社には謎が多くあります。徳川将軍家の特別の神社に許されたという説のある黒がなぜ武蔵御嶽神社に許されたのか・・・・?最近までなぜ赤で塗ってあったのか?武蔵御嶽神社は官幣大社でないのになぜ菊の紋が許されていたのか?こんな山の上に国宝の鎧や乗馬の道具がなぜ存在するのか?御嶽神社は山城だったという説もあります。確かに敵の攻撃を避ける「切り通し」がいろいろなところに今でも残っています。多摩川の谷と秋川の谷を一望できるところに御嶽神社は存在します。たくさんの謎に包まれています。