ファイルの場合「このファイルは、変更されていないか、または、バイナリファイルです。ファイルの拡張子的にも中身もソースファイルには間違いありませんし、変更されたことは検出されているので、設定の問題のようです。以上のファイルの差分は表示しないようになっています。任意のサイズに変更します。これで設定したサイズ未満のファイルは差分が表示されるようになります。ソースコードとかやめてほしいですが。SourceTreeSNSでもご購読できます。