01:05:161.3.5と1.3.6ではファイル構成は変化が無いので、インストールのときと同様に設定ファイル(pukiwiki.ini.phpなど)の設定やスキンのカスタマイズを行なった上で、上書きインストールすれば問題ないはずです。pluginとskinのサブディレクトリ内のファイルも上書きしてください。その他のサブディレクトリのファイルは上書きせずに、既存のものをそのまま使用します。01:16:46言い換えれば、PukiWikiのファイル一覧の青色のファイルを上書きすればアップデートできます。