戦闘が次第に激しさを増していく、「アオギリの樹」本拠地。喰種vs人間、その戦いの行方は...。その頃、アオギリの幹部・ヤモリに一人連れて行かれたカネキは、想像を絶する苦しみを受けることに。「あんていく」の面々は、ようやく以前と変わらないかのような日常を取り戻し始めていた。そんな中、カネキはひとり、自分の運命を変えたリゼのことを知るため、14区にあるバー「ヘルタースケルター」を訪れる。そこで喰種のイトリから、リゼがかつて11区にいたという情報を聞き出し...。「アオギリの樹」に連れ去られたカネキを救出しようと、芳村、四方、トーカ、ニシキ、ヒナミ、ウタが集まった。驚くべき人物もそこに加わり...。CCGの亜門ら捜査官たちもまた、千人を超える体制で11区にあるアオギリの拠点に突入しようとしていた。「アオギリの樹」とCCG、そして「あんていく」の三つ巴の戦いが始まる...。CCG11区支部が、「アオギリの樹」を自称する喰種の集団に襲撃された。それを受け、CCGは過去最大規模の対組織戦の準備を始める。カズイチ)と名乗る男が殴りこんできていた。リゼに心酔している万丈は、「アオギリの樹」がリゼを狙っていると知り、リゼに逃げるよう伝えにやって来たのだ。そこへ、「アオギリの樹」幹部の少年、「絢都(アヤト)」が突如乱入する。ケン)は「あんていく」から去っていった。トーカは現実を忘れようと受験勉強に打ち込み始める。その頃、アオギリ戦で大きな損害を出したCCGは、「アオギリの樹」を完全に殲滅するため、再び動き出していた。その最中、10年前の対「梟」戦を経験している黒磐は、アオギリ戦での「梟」の違和感に気づく。人を喰らう怪人“喰種(グール)”が潜む東京。好戦的な喰種集団「アオギリの樹(キ)」のアジトでは、アオギリと「CCG(喰種対策局)」、そして「あんていく」の面々が激戦を繰り広げていた。イワオ)らはSSSレートの喰種「梟(フクロウ)」と戦い苦戦。シュウ)の3人はアオギリの幹部・ノロと対決。トーカ)は、アヤトの圧倒的な力の前に追い込まれていた。最後の一撃がトーカを襲おうとしたその時...。CCGの護送車が、「アオギリの樹」に襲撃された。ヒナミ)は、その襲撃事件にカネキが関わっている事を知り、それぞれに心を痛めていた。セン)のサイン会に、トーカに迷惑をかけまいと一人で出かけていく。ヒデヨシ)と再会する。ヒナミ)の“処分”が決まった。彼女のことを幼い頃から知る金木は、すべてを失う覚悟でヒナミを救い出す。カズイチ)率いる一団もまた、ヒナミを助けようとコクリアを急襲。きしょう)が立ちふさがる。レンジ)の力も及ばず追い詰められていく一同。そこに現れ、有馬に対峙したのは、かつて捜査官時代に彼を師と仰いだ金木だった――。高い戦闘力と強靭な肉体を持つクロナに完全に追い詰められていた。あきら)が率いる部隊の前に立ちふさがったのは、アオギリの樹の幹部、タタラだった。法寺との遺恨を晴らすべく、容赦ない攻撃を仕掛けてくるタタラ。こうたろう)との思いもよらぬ再会を果たしたアキラ。今の二人は、“実験体”としてその体に赫包を移植された半喰種だった。“クインクス班”が到着した。クインクス班とは〔CCG〕が人工的に造り出した半喰種で組織されたチームであり、法寺・真戸班の援護のため、連携して滝澤たち“喰種”を追い詰めてゆく。金木と有馬の戦いは激闘の末、有馬が捜査官人生で初めての敗北を喫する。有馬は金木にあることを託すが、それは金木がエトから託されたことと同じであった――。“ヒト”と変わらぬ姿をしながら“ヒト”の肉を喰らうことでしか生きられない存在、“喰種(グール)”――。〔CCG〕が、喰種の一大組織“アオギリの樹”の本拠地が“流島(るしま)”にあることを突き止め、殲滅に乗り出す。せん)こと芳村(よしむら)エトは、記者会見を開き、自ら“喰種”であることを公表。以前からエトを追っていたカネキは捜査官として彼女を喰種収容施設“コクリア”へと連行するが、そこでエトから、あることを託される。