薬師寺の中心のお堂で、ご本尊をお祀りしています。大きく広がる屋根は軒先が美しいカーブを描きます。その美しさはいつしか竜宮造りと呼ばれるようになりました。創建当初の金堂は戦国時代の大火で焼け落ちてしまい、仮のお堂が建てられました。昭和43年から始まった「お写経勧進による白鳳伽藍復興」により、昭和51年に復興されました。二重(二階建て)の建物の各層に裳階もこし(飾りと風よけの為の小さな屋根)があります。二層目には納経されたお写経を納める納経蔵があります。お祀りしている、薬師寺のご本尊です。金堂は火災で消失しましたがご本尊は火災に耐え、三尊ともほぼ完全な姿です。当初は体の表面に鍍金が施され、装飾品にはガラスがはめ込まれており、非常にきらびやかな姿だったことが想像されます。薬師三尊は身心の健康を護る仏様で、中央に薬師如来、向かって右に日光菩薩、左に月光菩薩が並びます。中央に座す薬師如来は堂々とした雰囲気の中にも優しさが溢れるようです。両脇の日光・月光両菩薩は時に青年を思わせる表情、時に女性的な体つきと言われる、まさにすべての人の理想の姿をあらわした仏像です。座っておられる台座には、7世紀頃の世界各地の文様が集約されています。上の框[かまち]にはギリシャの葡萄唐草文様[ぶどうからくさもんよう]、その下にはペルシャの蓮華文様[れんげもんよう]が見られます。各面の中央には、インドから伝わった力神(蕃人[ばんじん])の裸像が浮彫りされています。下框には、中国の四方四神(東に青龍[せいりゅう]、南に朱雀[しゅじゃく]、西に白虎[びゃっこ]、北に玄武[げんぶ])の彫刻がなされています。シルクロードが奈良まで続いていたのです。古来のお正月は吉祥天女にお参りするものです。薬師寺に伝わる吉祥天女画像は、麻地に彩色された独立した絵画として日本最古のもので、ふくよかな天女が歩みを進めている様な姿は時の光明皇后の姿を写したとも言われます。吉祥天女は美と幸福の女神とされ、五穀豊穣や幸せをもたらします。修正会の本尊としてお正月のみ拝観可能です。4日~15日は平成の吉祥天をお祀りします。