分子が小さいため、配管などの隙間から非常に漏れやすい気体です。圧縮機内でも、ピストンヘッドとシリンダの隙間から漏れやすいといえます。漏れてはいけないガスには、ダイアフラムバルブやキャンドモーターと同じように、ダイアフラム膜によって摺動部がプロセスガスに接しない構造のダイアフラム圧縮機は、原理的に漏れが発生しないので安心して使用できます。逆に外からの異物の混入がないため、純度が必要な場合にも有効です。燃料電池用の水素は99.999%の純度で作られていますが、ダイアフラム圧縮機はまったく汚染しません。ダイアフラム式は一般的なレシプロ式と比べて、圧縮比を大きくでき、レシプロ式で5段圧縮のところを、3段で圧縮できますので、部品点数が少なく、メンテナンス費用や故障率も低減できます。ダイアフラム圧縮機は、水素用として最適な圧縮機といえます。