中国が東シナ海に防空識別区を設定したと発表したことを受けて、日本航空や全日空は23日から「東シナ海防空識別区」上に飛行経路がある台湾便や香港便などについて、飛行計画書を中国当局に提出し始めていることが明らかになった。した民間航空会社の対応は、今回の中国側の措置の既成事実化につながりかねないが、菅義偉官房長官は26日午前の記者会見で、「24日にそういう事実が判明したので、25日に国土交通省からそれぞれの航空会社に対し、中国の措置はわが国に対して何ら効力を有するものではなく、当該空域を飛行する航空機については、これまでのルール通りの運用を行なっていくという政府方針を伝えた」と対応を説明。同会見で、記者から「それは飛行計画書を中国側に提出する必要はないということか?」と確認され、菅官房長官は、「そういうことです」と明言する一方で、「本邦の航空会社は乗客の安全を考慮しながら、政府の方針および諸般の状況を総合的に勘案して、各社にとって最善の判断を取られるものだと考えている」と、最後は「各社の裁量に任せる」との微妙なニュアンス。政府方針を伝えた後も、各航空会社が飛行計画書を中国当局に提出しているか否かについては、「そこはまだ確認していない。昨日、航空会社に政府の方針を伝えたばかりですから」としている。