ゲノムサブタイプは、薬物の標的および臨床試験デザインを示唆するほか、標的療法に対する臨床上の意思決定の指針となりうる。詳しい情報については表1を参照のこと。MEK阻害剤による併用療法は、単一阻害剤単独よりも治療成績の改善を示している;しかしながら、実質的にすべての患者が治療に対する抵抗性を獲得し再燃する。(詳しい情報については、本要約の個別の治療法セクションを参照のこと。)したがって、臨床試験は依然として、BRAF変異型や他のゲノムサブタイプの黒色腫患者に対して重要な選択肢となっている。ゲノムサブタイプに関係なく、黒色腫の治療にはさまざまな免疫療法が承認されている。(詳しい情報については、本要約の個別の治療法セクションを参照のこと。)免疫療法の有益性は、特定の変異または分子的サブタイプには関連していない。TCGA解析により、(各分子的サブタイプ内のサブセットにおいて)生存の改善に関連し、免疫療法に影響しうる免疫マーカーが同定された。予測バイオマーカーの同定は、依然として活発に研究されている分野である。