多くのウイルスが犬および猫の腸炎を引き起こす。下痢を主徴とする感染症の主要な原因ウイルスは、犬では犬パルボウイルス2型、犬コロナウイルス、および犬ロタウイルスであり、猫では猫汎白血球減少症ウイルス、猫腸コロナウイルスおよび猫ロタウイルスである。これらの中でロタウイルスはヒトや家畜では重要な腸炎の病原体であるが、犬および猫では幼弱期に下痢症を引き起こすことがあるものの臨床的に重要な病原体とは考えられていない。下痢を主徴とはしないが全身感染にともなって腸炎を引き起こすことのあるウイルスもある。犬では犬ジステンパーウイルスがその代表であり、猫では猫白血病ウイルス、猫免疫不全ウイルス、猫伝染性腹膜炎ウイルスが挙げられる。その他に、犬や猫の下痢便あるいは正常便には、ウイルス分離あるいは電子顕微鏡検査によりアストロウイルスやカリシウイルス等が見出されるが、これらのウイルスの犬や猫の腸管に対する病原性ははっきりしない。下痢を示す症例が来院した場合、飼い主からその下痢が急性であるかどうか、また下痢が始まるまでの1週間以内にウイルスに感染しそうな場所へ行ったかどうかなどの稟告を取ることは重要である。糞便の状態を聞き、ウイルス性下痢が疑われた場合に糞便検査を行う。属原虫の寄生による鶏の腸炎を主体とする疾病である。ブロイラーとその種鶏などの平飼い鶏に多発し、生産成績を悪化させるため、養鶏産業上非常に重要視されている。これまで予防対策の主流は飼料に添加する抗コクシジウム剤であったが、耐性株出現の問題や薬剤に頼らない食品生産を求める消費者ニーズの高まりなどから、その代替法として鶏コクシジウム生ワクチンが注目されるようになった。3製品の鶏コクシジウム生ワクチンが製造販売承認および市販されており、本症の制御に広く応用されつつある。