官公立病院は、さらに軍事病院と伝染病に関する病院などに分かれました。明治初期に、陸軍は東京の本病院と鎮台(ちんだい)ごとに鎮台病院を置き、海軍も東京に海軍本病院を設置しました。梅毒やコレラ、結核等の伝染病対応する伝染病に関する病院のほか、精神疾患に対応する府県立の病院が各地に設置されました。6箇所駐在した部隊に配置され、衛戍病院(えいじゅびょういん)、陸軍病院、1887(明治20)年に師団(しだん)と変わっていきました。