小職の場合、同一のインボイスに、EPA対象品とそうではないもののいずれも記載して送るケースが多いです。すべてのEPAで試したわけではありませんが、日本から輸出でEPA対象品だけでインボイスをまとめるように、というのは現地からも言われたことはありません。対象品がある場合、インボイスの各製品名の備考部分に、EPA対象であることを明記するようにはしています。結果として、インボイスに記載される輸出品のすべてがEPA対象品になり、すべてについて特定原産地証明書をつけることは割りとよくあります。