miRNAをコードしている。miRNAはIII型潜伏期でのみ発現する。miRNAはEBV関連上皮細胞においてBリンパ球よりも強く発現している。潜伏感染の間、ウイルスmiRNAは、限られた数のウイルス遺伝子を発現することにより潜伏感染を維持するのに役立ち、宿主免疫監視からウイルスを回避することができる。EBVウイルスmiRNAの異常発現は、シグナル伝達経路の不均衡による代謝異常およびEBV感染細胞の発癌に寄与する。