ハウスみかん栽培が盛んで、国内4位となっている。山北みかん香南市(旧香我美町)は県内最大の産地で、県収穫量の半数以上を占める。山北地区で栽培される山北みかんがブランド化しており、露地栽培、ハウス栽培の双方が行われるため、年中通してミカンが生産される。主産地に淡路市(旧一宮町)、南あわじ市(旧南淡町、旧緑町)、赤穂市など。淡路島ではみかん栽培が行われており、淡路みかんと呼ばれ、ブランド育成のための品評会が行われているほかに観光農園も多い。産地を除けばみかん産地としては東端に当たり、房州みかんと呼ばれ、市場出荷のほか観光農園が多い。旧三芳村は観光みかん園が集まる県内最大の産地。収穫量は最新の全国調査を行った作況調査(果樹)2014年版による。主産地に海津市(旧南濃町)。養老山地の山麓はみかんの一大産地で、県の9割以上を占め、内陸県では唯一年間収穫量1000トンを超える産地となっており、北限の産地の一つとして知られる。地名から「にしみのみかん」「南濃みかん」と呼ばれ、貯蔵して糖度を増してから出荷する。主産地に瀬戸内市(旧邑久町)、玉野市、備前市など。明治時代にみかんが植えられてから、現在も桜井市穴師地区では連綿とみかん栽培が続けられている。