講演で2002年(平成14年)のバリ島爆弾テロ事件に関連し「友人の友人がアルカイダ。バリ島の中心部は爆破するから近づかないようにとアドバイスを受けた」と発言した。出入国を所管する法相ひいては日本政府が大規模テロ事件の情報を事前に掴んでいたかのような発言は、特に外国特派員協会での講演ということもあり内外に大きな衝撃を与えた。そのため、鳩山法相は当日中に訂正の記者会見をするはめとなり、「実際に話を聞いたのはテロの3、4ヶ月後だった。話を聞いた友人は自分の趣味であるチョウの採集を通じて知り合った一般人で、アルカイダと断定はしていなかったが関わりのある過激派グループに協力している人物かもしれないとのことだった」と苦しい釈明をした。翌30日、福田から「そういうこと(テロ)を防止する役目だからしっかりやるように」と注意され、官房長官の町村からは「日本の法務大臣がテロリストを知っているという誤った印象を与える発言は遺憾」として注意を受けた。鳩山は、「ご心配をかけて申し訳ない」と福田に対して謝罪したが、記者から「(鳩山法相の)『友人の友人がアルカーイダ』という見出しが一人歩きすると国際的な信用を落としかねないと思われるが」と質問が飛ぶと「事実を言ったらいけないのか。知り合いの知り合いということでは間違いない。亀井静香(元警察官僚)が「警察庁は法相から事情聴取をしていない。国家公安委員長は何をやっているのか。(法相を)放っておくのはふまじめすぎる。」[10]と発言するなど、事実関係の解明を求める指摘もされており、官房長官の町村は文書による事実関係の報告を鳩山に指示している。当該人物がテロ組織と無関係だった場合どうするのか問われた鳩山は、「人の名誉を著しく傷つけることになれば、何らかの責任を取らないといけない。」[11]と衆議院法務委員会にて答弁している。