本作は藤子不二雄の2人のほかに、石ノ森章太郎やスタジオ・ゼロが関わっている。藤子不二雄がコンビを解消し、さらに石ノ森、スタジオ・ゼロが関わっているため、四者の間で著作権料の割合で揉めていたのではないかという説。両者にアシスタントとして携わったえびはら武司は自伝的自著『まいっちんぐマンガ道』の中でこれに近い説明をしている。前述の通り本作は藤子不二雄の事実上最後の合作であり、コンビ解消後に代理人を立てての法的な話し合いが始まった。石ノ森らとの話し合いのほか、紛失原稿が多すぎること、そして後述の差別表現などの描き直しが膨大であること、これら全てをクリアーするためのハードルが多く、再版まで時間がかかってしまったとした[14]。台湾や香港では1997年頃までは公式に単行本が発売されており、アニメ(3作目)は、絶版中もコンビ解消以前の「藤子不二雄」とクレジットが入った上でCSなどで再放送されていたり、石ノ森が参加しているのは『少年サンデー』版のみで、それ以外の雑誌でのよっちゃん、ゴジラは藤子Fが描いているため漫画の単行本が出ない理由とするにはこの説は弱い。石ノ森・藤子?・藤子F[15]合作(風田朗[16]とスタジオ・ゼロ名義。安藤は『新潮45』(新潮社)2004年11月号でこの問題を取り上げ、追加取材を行なって『封印作品の謎2』として2006年に出版。それによると、スタジオ・ゼロからコンビ解消前の藤子不二雄と藤子スタジオへ著作権は戻され、石森プロも「『オバケのQ太郎』の著作権に関して主張したことはない」として、石ノ森やスタジオ・ゼロとの著作権問題という説は否定されている。小学館では「作者サイドが表に出さないことにしている」と主張。原作者サイドの藤子スタジオは「藤子プロに任せている」、藤子プロは「権利問題ではなく作者の意志を守りファンを優先に活動している」、「遺された作品が膨大なので今はたまたま出していないだけ」という見解であった。