番組リクエストスタッフ『統合TV』は、生命科学分野の有用なデータベースやツールの使い方を動画で紹介するウェブサイトです。千現地区研究本館1階第2会議室このテキストを引用する際はDOIをご利用ください。11:10-14:10これは統合データベース講習会AJACS筑波4「ゲノムデータベースとそれを活用した配列解析入門」の資料です。本講習は、だれでも自由に使うことができる公共DBやウェブツールを活用して、オミックス解析の基本であるゲノム配列のDBを簡単に調べるための方法と基礎知識について学びます。それらを活用した配列解析の基礎に関して実例を交えながら詳しく説明、実習します。講習の流れ今回の講習では、以下の内容について順番に説明します。【実習】の部分はみんなでやる実習、【応用】は早くできてしまった人用の応用課題です。講習に際しての注意とお願いみんなで同時にアクセスするとサイトにつながりにくくなることが予想されます。資料を見ながら自力で進められそうな方はどんどん先に、そうでない方は講師と一緒にすすめていきましょう。サイトの反応が悪い時はタイミングをずらして実行してみてください。反応が無いからと言って何度もクリックするとますます繋がらなくなってしまいます。おおらかな気持ちで臨みましょう。わからないことがあったら挙手にてスタッフにお知らせください。遠慮は無用です(そのための講習会です!)。おいてけぼりは楽しくありません。対応するチュートリアル動画が統合TVがありますウェブサイトへのアクセスから結果の見方まで、操作の一挙手一投足がわかります。講義・講習などの参考資料や後輩指導の教材として利用できます。本講習中、本家サイトが繋がらない時は、統合TVのYouTube版を見ればおおよその内容がわかるようになっています。過去の講習会の内容はそのほとんどが統合TVに収録されており、いつでもどこでも繰り返し復習できるようになっています。Japan(PGDB)等々ゲノムブラウザとは?塩基配列解読したゲノム配列とそこに付与(アノテーション)された情報を見るための仕組みオンライン型とローカル型オンライン型:ウェブブラウザ上で。そのトップページを開く。トップページにはツール名がリストされている。最寄りのミラーサイトに接続するか訊いてくるので、指示に従う。Browserのページが開くので、生物種(Human)とアッセンブリ(Feb.2009/(GRC37/hg19))を選んで、検索語を入力する。FAM32A遺伝子のゲノム領域が表示される。Binding..."を"hide"から"show"に変更して、"refresh"ボタンを押す。転写因子結合サイトの情報が追加される。変更して表示してみましょう。tracks"を押すと最初の状態に戻せます。上記のFAM32Aを検索してみよう。http://doi.org/10.7875/togotv.2017.082塩基配列データベース塩基配列(DNAやRNA)のデータベースで、上述のゲノムデータベースやゲノムブラウザの元になっているデータがここに一次ソースとしてバンク(アーカイブ)されている。よって、1987年より日欧米の3箇所で塩基配列の登録、データの交換、維持管理を行っている。(SRA)SRAデータも交換されているDDBJにもあるので、そこから取ると早くダウンロードできる。(DRA)と呼ばれることも。基本である配列アラインメントについて、BLASTを例にその検索アルゴリズムを解説する。sequence(query)をペーストする。興味ある配列がない場合は、例1か例2を使いましょう。デフォルトのまま(nr/nt)で。BLASTボタンを押すと、検索が始まり、以下のような結果が得られる。transcript'にするなど、パラメータを変えて検索してみよう。toolとも呼ばれる企業には有償のライセンス依然としてBLASTを使う例も多く【応用2】BLATBLASTと同じ検索を、BLATを用いてやってみよう。alignment)である。Omegaと同じマルチプルアラインメントを、MAFFTを使ってやってみよう。以下の統合TVを参考に。【実習4】InterProとPfamInterProは数多くあるタンパク質モチーフやドメインの統合データベースです。そのトップページ(EBIのサイト)を開く検索したいタンパク質配列を貼り付ける。自らの配列を持ってない場合は、上で使ったテスト配列(真核高等生物のHIF1A)の一番先頭のエントリだけをコピー&ペーストしてみましょうSubmitを押してしばらく待つ。サーバーの混み具合によっては、時間がかかるときもあります。結果が得られるPFで始まるIDがPfamのエントリです。クリックしてみましょう。http://doi.org/10.7875/togotv.2017.125【応用4】DoMosaics手持ちのタンパク質配列セットに対して、そのドメイン構造をPfamのDB全てに対して検索し、それらの系統関係もローカルに計算して併せて表示するというツールです。実行にはJavaのプログラムが実行できる環境が必要です。ライセンスの下で利用可能です。利用にあたっては、下記のクレジットを必ず表示してください。(CC-BY-4.0)。