ゲノム情報科学は、膨大なゲノム情報を計算機で効率よく処理するためのデータベースやソフトウェアツールを開発する必要性から生まれた研究分野であるが、近年では扱う対象も、従来のゲノム配列データやタンパク質立体構造データから、遺伝子発現データ、分子間相互作用データ、SNPデータなどにまで急速に多様化し、ゲノム研究やライフサイエンスを効率的に進める道具としても、また、ゲノムや生命に内在する数理的構造を捉える際の理論的基盤としてもその重要性を増している。本課題は、このようなゲノム情報科学の発展とそれを遂行する人材の育成を目標に平成12年度から16年度にわたり実施された特定領域研究「ゲノム情報科学」の5年間の成果をとりまとめるために設定されたものである。あわせてそれぞれ49(10)件、47(13)件、51(13)件、45(13)件、43(13)件(カッコ内が計画研究の数、内数表示)の研究課題が設定され、活発な研究活動を展開してきた。3つの研究推進委員会を設けて精力的な活動を展開してきた。目的として、さまざまな講習会やワークショップおよびバイオインフォマティクスプログラミングコンテストを開催してきた。本領域全体で、上記の研究活動を通して、5年間で約500報の論文が出ている。33件の特許が出願されている。研究の成果の一部はデータベースや解析ソフトウェアの形でインターネットを通じて公開されている。そのサイト数は約80にのぼる。